More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0094 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011371  Rleg2_6470  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  77.37 
 
 
504 aa  768    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.389192  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0192  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  68.46 
 
 
514 aa  679    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0200  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  68.46 
 
 
503 aa  677    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  68.19 
 
 
503 aa  680    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1591  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  68.34 
 
 
509 aa  666    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0800392  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2903  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  73.84 
 
 
503 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0094  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  100 
 
 
516 aa  1060    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5983  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  75.76 
 
 
504 aa  749    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  59.52 
 
 
514 aa  599  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0185895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1975  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.08 
 
 
509 aa  590  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4217  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  60 
 
 
513 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.285704 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4895  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  58.56 
 
 
511 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481949  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1090  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  59.32 
 
 
514 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4069  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  59.68 
 
 
513 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.961718  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2385  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  57.71 
 
 
513 aa  559  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.462359  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2990  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  58.75 
 
 
524 aa  555  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1361  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  58.48 
 
 
516 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2808  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  59.48 
 
 
509 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.711115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2699  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.8 
 
 
511 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.842303  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  55.22 
 
 
539 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2670  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  55.22 
 
 
539 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  58.22 
 
 
500 aa  531  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4393  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.73 
 
 
527 aa  534  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1240  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  61.16 
 
 
515 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2442  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  55.89 
 
 
502 aa  530  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.78 
 
 
516 aa  530  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0630  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.35 
 
 
531 aa  525  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146837  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2206  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.03 
 
 
526 aa  525  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.440136  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1208  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.25 
 
 
534 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.397297 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2910  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.23 
 
 
502 aa  514  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0293172  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3684  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.79 
 
 
515 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0865  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.52 
 
 
502 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0812  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.52 
 
 
502 aa  501  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2980  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.67 
 
 
525 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733731  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3531  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  55.89 
 
 
534 aa  498  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.959942  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1387  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.81 
 
 
507 aa  495  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1659  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.71 
 
 
491 aa  496  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0674401  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.09 
 
 
525 aa  498  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0082196  normal  0.374558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3045  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.88 
 
 
525 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.399591 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1459  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.13 
 
 
507 aa  494  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2179  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.25 
 
 
510 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.873983  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3955  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.49 
 
 
495 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2156  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.56 
 
 
517 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0189  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.4 
 
 
499 aa  489  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3397  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.12 
 
 
557 aa  488  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505029  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5335  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.92 
 
 
504 aa  488  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3733  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.4 
 
 
500 aa  483  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2574  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.53 
 
 
495 aa  477  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5324  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.6 
 
 
503 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575956  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1827  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.94 
 
 
513 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.17112  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.63 
 
 
510 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399565  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0420  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.84 
 
 
511 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.738036 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3320  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.86 
 
 
509 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435615  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3664  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.4 
 
 
526 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0488098  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0639  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.65 
 
 
509 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00244  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.01 
 
 
512 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.887264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0620  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.83 
 
 
507 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0228  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.48 
 
 
499 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.279587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6005  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.47 
 
 
507 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0493014  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2106  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.01 
 
 
501 aa  458  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2706  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
507 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76503  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4792  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.85 
 
 
505 aa  457  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  0.703258 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0600  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.9 
 
 
510 aa  457  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5259  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.05 
 
 
505 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2066  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
507 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2677  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
507 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435115  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2602  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.47 
 
 
507 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.45691  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3932  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.78 
 
 
500 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4129  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.57 
 
 
500 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199856  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3233  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.21 
 
 
502 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.700391  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2730  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.47 
 
 
507 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31926  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03315  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.6 
 
 
519 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
510 aa  445  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4000  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.09 
 
 
504 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0740  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
510 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0726  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.26 
 
 
510 aa  445  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.125098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3348  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.2 
 
 
509 aa  445  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0152  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.09 
 
 
504 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0288  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.16 
 
 
499 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03277  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)-binding  47.56 
 
 
501 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0288  FAD dependent oxidoreductase  47.56 
 
 
501 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2453  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.04 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.453717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4123  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.87 
 
 
504 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.469076 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0241  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.04 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.570878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03229  hypothetical protein  47.56 
 
 
501 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.81 
 
 
512 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3623  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.56 
 
 
501 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0288  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.56 
 
 
501 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17930  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.05 
 
 
512 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2372  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.04 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4642  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.98 
 
 
502 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3706  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.77 
 
 
501 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.166207 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2705  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.04 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.859057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4734  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.35 
 
 
501 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3902  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.56 
 
 
501 aa  438  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3808  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.35 
 
 
501 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.389691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1559  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.05 
 
 
547 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0601  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.12 
 
 
512 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4339  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.16 
 
 
508 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.50517  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1102  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.43 
 
 
509 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.889292  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>