48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0090 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  100 
 
 
230 aa  464  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.26 
 
 
220 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.06 
 
 
214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.97 
 
 
213 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  43.53 
 
 
213 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  41.92 
 
 
223 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  41.48 
 
 
213 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  47.39 
 
 
218 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.22 
 
 
211 aa  175  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  46.96 
 
 
219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  38.63 
 
 
224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.13 
 
 
226 aa  139  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  36.96 
 
 
223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  34.07 
 
 
220 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  33.04 
 
 
220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.42 
 
 
231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.7 
 
 
214 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  31.08 
 
 
226 aa  121  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 
212 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.71 
 
 
262 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  30.26 
 
 
223 aa  114  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.02 
 
 
212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.44 
 
 
214 aa  111  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.75 
 
 
227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  32.29 
 
 
219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  31.36 
 
 
230 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.9 
 
 
214 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.99 
 
 
240 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 
231 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.2 
 
 
243 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.76 
 
 
231 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.98 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.61 
 
 
235 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.98 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.99 
 
 
231 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.33 
 
 
235 aa  102  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  29.15 
 
 
219 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  30.6 
 
 
216 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  30.3 
 
 
224 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.14 
 
 
228 aa  96.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.52 
 
 
216 aa  95.1  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.39 
 
 
228 aa  94.7  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  27.98 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.16 
 
 
246 aa  94  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.89 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.81 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  35.9 
 
 
223 aa  44.7  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.29 
 
 
239 aa  43.1  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>