More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0085 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  517  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 		 249 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.17 
 
 		 265 aa  228  7e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 		 259 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 		 277 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 256 aa  201  7e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.89 
 
 		 254 aa  199  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 		 260 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 258 aa  188  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 282 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 		 300 aa  184  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  42.28 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 		 260 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 243 aa  170  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 262 aa  168  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.3 
 
 		 262 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 260 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 240 aa  158  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 		 238 aa  158  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 250 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 		 264 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 		 260 aa  151  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 264 aa  151  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  37.34 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 251 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  37.71 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 		 265 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 		 264 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 		 238 aa  144  9e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 256 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  38 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.15 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.21 
 
 		 253 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  35.27 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 		 240 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  33.88 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 		 270 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 259 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 		 266 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 266 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 		 266 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 		 260 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 266 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 		 249 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 		 264 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 		 266 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 267 aa  125  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 		 252 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.81 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.1 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.79 
 
 		 257 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>