59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0084 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0084  hypothetical protein  100 
 
 
184 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0310  hypothetical protein  38.01 
 
 
181 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0727  hypothetical protein  35.06 
 
 
204 aa  101  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0639  hypothetical protein  33.33 
 
 
175 aa  98.2  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.232095  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0467  putative lipoprotein  36.43 
 
 
182 aa  94.7  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2965  putative lipoprotein  35.81 
 
 
178 aa  91.7  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.310555 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2326  putative lipoprotein  33.71 
 
 
177 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1386  lipoprotein, putative  36.81 
 
 
159 aa  91.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.198028  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0495  putative lipoprotein  32.39 
 
 
177 aa  90.9  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1454  putative lipoprotein  37.23 
 
 
178 aa  89.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.21997  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6101  putative lipoprotein  34.1 
 
 
178 aa  89.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0127542  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2515  lipoprotein, putative  32.57 
 
 
177 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0186568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2392  putative lipoprotein  35.14 
 
 
178 aa  88.6  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0231  putative lipoprotein  32.93 
 
 
182 aa  84.7  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3103  hypothetical protein  35.04 
 
 
177 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259811  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2706  hypothetical protein  31.21 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0570453  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1244  hypothetical protein  30.81 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.360902  normal  0.805143 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0819  hypothetical protein  30.61 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1173  hypothetical protein  30.23 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000305778  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1058  hypothetical protein  34.57 
 
 
177 aa  81.6  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.237765  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1374  putative lipoprotein  30.9 
 
 
188 aa  81.3  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4067  putative lipoprotein  30.52 
 
 
183 aa  80.1  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0869  hypothetical protein  30.95 
 
 
167 aa  79  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.553116  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1487  hypothetical protein  29.52 
 
 
177 aa  79  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3060  hypothetical protein  32.88 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3203  hypothetical protein  32.88 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.805935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3046  hypothetical protein  32.88 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1317  hypothetical protein  32.88 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.392601  normal  0.0822966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5881  putative lipoprotein  32.43 
 
 
186 aa  77  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.175734 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3376  hypothetical protein  31.29 
 
 
183 aa  77  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1174  hypothetical protein  29.07 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764093  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0370  hypothetical protein  27.33 
 
 
196 aa  75.9  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0643  putative lipoprotein  31.97 
 
 
175 aa  75.9  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1894  putative lipoprotein  32.35 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1006  hypothetical protein  31.4 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334392  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2730  putative lipoprotein  30.66 
 
 
178 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430324  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3028  hypothetical protein  30.56 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0116343  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1603  putative lipoprotein  32.64 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3024  hypothetical protein  29.93 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750227  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1324  putative lipoprotein  28.95 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3365  hypothetical protein  28.08 
 
 
176 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2808  putative lipoprotein  28.22 
 
 
180 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01821  hypothetical protein  33.05 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2940  hypothetical protein  29.41 
 
 
186 aa  70.9  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0504763  normal  0.191467 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2751  hypothetical protein  30.6 
 
 
186 aa  69.3  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.224395  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1088  hypothetical protein  30.6 
 
 
186 aa  69.3  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271089  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2769  hypothetical protein  29.45 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171621  normal  0.264035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0409  hypothetical protein  27.03 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.63828  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003858  putative lipoprotein  32.77 
 
 
129 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.671366  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03341  lipoprotein  30.06 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1484  hypothetical protein  30.37 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.875009  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3177  lipoprotein  28.47 
 
 
178 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.216973  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2838  putative lipoprotein  26.71 
 
 
185 aa  57.8  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000947276  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3890  putative lipoprotein  28.08 
 
 
194 aa  53.9  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2548  hypothetical protein  26 
 
 
159 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3399  hypothetical protein  26.71 
 
 
159 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169777  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3325  hypothetical protein  26.98 
 
 
171 aa  48.1  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2923  hypothetical protein  24 
 
 
159 aa  48.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1899  hypothetical protein  25.34 
 
 
158 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>