More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0077 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0487  putative malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  61.88 
 
 
610 aa  754    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.853743  normal  0.367436 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0670  TPP-requiring enzyme IolD  78.09 
 
 
607 aa  976    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1239  putative acetolactate synthase protein  55.38 
 
 
627 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1654  iolD protein  57.97 
 
 
646 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72162  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0714  TPP-requiring enzyme IolD  78.09 
 
 
607 aa  977    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83955  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0912  iolD protein  58.13 
 
 
661 aa  666    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1134  thiamine pyrophosphate protein central region  63.05 
 
 
616 aa  749    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.474291 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3838  thiamine pyrophosphate protein central region  77.43 
 
 
607 aa  978    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1830  iolD protein  57.97 
 
 
661 aa  665    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.301996  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3284  acetolactate synthase  63.65 
 
 
614 aa  772    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.787406  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0077  acetolactate synthase  100 
 
 
607 aa  1257    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4016  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  64.15 
 
 
614 aa  777    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3561  thiamine pyrophosphate protein central region  62.97 
 
 
622 aa  742    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.238424 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2648  iolD protein  57.21 
 
 
667 aa  660    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.190604  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1676  iolD protein  57.97 
 
 
646 aa  665    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479049  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1325  putative myo-inositol catabolism LolD protein  56.47 
 
 
659 aa  679    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2314  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  66.17 
 
 
612 aa  780    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.284269  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0725  iolD protein  58.13 
 
 
646 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.165076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3315  thiamine pyrophosphate protein central region  54.46 
 
 
618 aa  635    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1595  thiamine pyrophosphate protein central region  56.13 
 
 
620 aa  701    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7802  thiamine pyrophosphate protein central region  67 
 
 
612 aa  833    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.821593  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2810  thiamine pyrophosphate protein central region  56.96 
 
 
657 aa  654    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.595591  normal  0.165764 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1675  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  66.61 
 
 
609 aa  818    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0981  thiamine pyrophosphate protein central region  62.84 
 
 
616 aa  750    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1601  thiamine pyrophosphate protein central region  56.96 
 
 
649 aa  666    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.392192  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1443  iolD protein  58.13 
 
 
646 aa  666    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0437  iolD protein  58.13 
 
 
646 aa  666    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0066  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.54 
 
 
627 aa  629  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.354472  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1341  thiamine pyrophosphate protein central region  55.43 
 
 
627 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1400  thiamine pyrophosphate protein central region  55.22 
 
 
627 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1893  thiamine pyrophosphate protein central region  56.5 
 
 
638 aa  617  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0940  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  55.22 
 
 
627 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2931  thiamine pyrophosphate protein central region  53.96 
 
 
627 aa  617  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.224802 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1422  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.22 
 
 
627 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4566  acetolactate synthase  54.59 
 
 
636 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.958598  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1302  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.27 
 
 
627 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1718  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  49.19 
 
 
626 aa  565  1e-160  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1695  thiamine pyrophosphate protein central region  48.72 
 
 
624 aa  550  1e-155  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5695  thiamine pyrophosphate protein central region  46.7 
 
 
621 aa  545  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.728148 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1524  thiamine pyrophosphate protein central region  46.62 
 
 
623 aa  538  9.999999999999999e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2834  thiamine pyrophosphate protein central region  47 
 
 
613 aa  539  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3075  thiamine pyrophosphate protein central region  49.11 
 
 
623 aa  539  9.999999999999999e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.433048  normal  0.875201 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0659  thiamine pyrophosphate protein central region  47.83 
 
 
623 aa  536  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101601  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2599  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  47.25 
 
 
649 aa  538  1e-151  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.443683  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1800  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.11 
 
 
626 aa  533  1e-150  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0302  myo-inositol catabolism protein  44.32 
 
 
644 aa  531  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2530  putative iolD protein  43.86 
 
 
644 aa  529  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000612889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4491  thiamine pyrophosphate protein central region  50.08 
 
 
637 aa  531  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0431429  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1335  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  46.96 
 
 
643 aa  525  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2335  iolD protein  43.86 
 
 
644 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.646914  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2298  malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  43.86 
 
 
644 aa  527  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2254  myo-inositol catabolism protein, malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  44.57 
 
 
644 aa  528  1e-148  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2514  acetolactate synthase IolD  43.86 
 
 
644 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.868451  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3608  thiamine pyrophosphate protein central region  45.92 
 
 
669 aa  524  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.908775  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1621  hypothetical protein  45.39 
 
 
623 aa  523  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1616  hypothetical protein  44.98 
 
 
623 aa  521  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5566  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  46.99 
 
 
612 aa  521  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3002  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  46.79 
 
 
643 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2745  thiamine pyrophosphate protein central region  45.97 
 
 
649 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2976  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme  46 
 
 
648 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4019  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.42 
 
 
649 aa  518  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.14756 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3048  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  45.84 
 
 
648 aa  514  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50100  myo-inositol catabolism protein IolD  45.86 
 
 
645 aa  515  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.443282  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0084  myo-inositol catabolism protein IolD  42.74 
 
 
639 aa  513  1e-144  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1876  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme  46 
 
 
648 aa  514  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00662616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3495  iolD protein  44.78 
 
 
645 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0154384  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3269  pyruvate decarboxylase:pyruvate decarboxylase  44.25 
 
 
645 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.149274  normal  0.620007 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3121  thiamine pyrophosphate protein central region  47 
 
 
652 aa  511  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4714  probable malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  43.94 
 
 
646 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.163823  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4015  thiamine pyrophosphate protein central region  42.77 
 
 
638 aa  502  1e-141  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4539  thiamine pyrophosphate protein central region  45.05 
 
 
637 aa  502  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.366125  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3348  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  45.5 
 
 
622 aa  501  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0194169  normal  0.142166 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1578  myo-inositol catabolism protein  43.81 
 
 
645 aa  501  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.505237  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4056  thiamine pyrophosphate protein central region  45.35 
 
 
643 aa  501  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0822  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.31 
 
 
654 aa  486  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.837061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0939  thiamine pyrophosphate protein central region  42.41 
 
 
660 aa  484  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.41 
 
 
924 aa  484  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1420  thiamine pyrophosphate enzyme protein  46.79 
 
 
623 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406796  normal  0.238501 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3342  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  44.5 
 
 
643 aa  477  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.621165  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0728  thiamine pyrophosphate protein central region  43.51 
 
 
645 aa  473  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.244688  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1369  thiamine pyrophosphate protein central region  44.25 
 
 
644 aa  472  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6846  thiamine pyrophosphate protein central region  45.62 
 
 
616 aa  474  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1269  thiamine pyrophosphate protein central region  46.84 
 
 
621 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4659  thiamine pyrophosphate protein central region  42.43 
 
 
646 aa  471  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5446  thiamine pyrophosphate protein central region  44.61 
 
 
664 aa  467  9.999999999999999e-131  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.432939  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0138  thiamine pyrophosphate protein central region  41.76 
 
 
653 aa  456  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4209  thiamine pyrophosphate protein central region  39.58 
 
 
624 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.423105  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6968  thiamine pyrophosphate protein central region  30.52 
 
 
595 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1519  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  30.74 
 
 
595 aa  209  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6310  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.74 
 
 
595 aa  209  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.683934  normal  0.626612 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4046  thiamine pyrophosphate protein central region  29.52 
 
 
587 aa  197  4.0000000000000005e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.26689  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.35 
 
 
581 aa  189  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.18 
 
 
581 aa  189  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8567  thiamine pyrophosphate protein central region  28.31 
 
 
596 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.450993  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1092  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.85 
 
 
600 aa  187  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0639  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.6 
 
 
593 aa  178  3e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0915985  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3347  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.74 
 
 
561 aa  177  6e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.18132  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.4 
 
 
557 aa  176  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.12 
 
 
574 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.83 
 
 
554 aa  170  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>