More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0071 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0071  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 
315 aa  648    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3161  dihydrodipicolinate synthetase  92.38 
 
 
315 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0466092 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3377  dihydrodipicolinate synthetase  70.16 
 
 
311 aa  449  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1566  dihydrodipicolinate synthetase  65.9 
 
 
307 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  65.57 
 
 
307 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2683  dihydrodipicolinate synthetase  66.56 
 
 
308 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  65.57 
 
 
307 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  65.9 
 
 
307 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  65.9 
 
 
307 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5282  dihydrodipicolinate synthetase  66.23 
 
 
309 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0601  dihydrodipicolinate synthetase  66.89 
 
 
308 aa  409  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02728  dihydrodipicolinate synthetase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00110)  63.96 
 
 
309 aa  398  9.999999999999999e-111  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.753115  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02600  dihydrodipicolinate synthase DapA, putative  63.4 
 
 
383 aa  390  1e-107  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.474557  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3437  dihydrodipicolinate synthetase  37.7 
 
 
310 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0930984  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5676  dihydrodipicolinate synthetase  36.6 
 
 
312 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727841  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3342  dihydrodipicolinate synthetase  37.17 
 
 
312 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0058629  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1393  dihydrodipicolinate synthetase  36.93 
 
 
312 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1167  putative dihydrodipicolinate synthetase  34.4 
 
 
314 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0631  dihydrodipicolinate synthetase  32.46 
 
 
314 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000301226  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  30.19 
 
 
298 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1603  dihydrodipicolinate synthetase  27.78 
 
 
337 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5401  dihydrodipicolinate synthase  32.15 
 
 
301 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0312051  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2005  dihydrodipicolinate synthase  31.83 
 
 
301 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.672271  hitchhiker  0.000000182643 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2132  dihydrodipicolinate synthase  31.83 
 
 
301 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769991  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5982  dihydrodipicolinate synthase  31.51 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2113  dihydrodipicolinate synthase  31.51 
 
 
300 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  hitchhiker  0.00390104 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2095  dihydrodipicolinate synthase  31.51 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  26.35 
 
 
303 aa  102  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1179  dihydrodipicolinate synthase  31.83 
 
 
301 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000302619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1678  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2699  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1453  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.242804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2565  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3137  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2180  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632855  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2619  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1906  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 
290 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  26 
 
 
304 aa  97.8  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0847  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 
307 aa  97.4  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1224  dihydrodipicolinate synthase  27.49 
 
 
292 aa  97.4  3e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  26.23 
 
 
301 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0991  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 
290 aa  96.3  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000339523  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1454  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 
302 aa  95.1  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000582626 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  29.01 
 
 
291 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1585  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2987  dihydrodipicolinate synthase  27.12 
 
 
294 aa  94.7  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00573153  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2548  dihydrodipicolinate synthase  30.32 
 
 
308 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00128586  normal  0.0288047 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1145  dihydrodipicolinate synthase  29.7 
 
 
294 aa  93.2  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0950083  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2640  dihydrodipicolinate synthase  29.24 
 
 
293 aa  92.8  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  25.2 
 
 
304 aa  92.4  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000163874  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  30.32 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  27.72 
 
 
309 aa  91.7  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2124  dihydrodipicolinate synthase  28.71 
 
 
302 aa  92  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.035757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  29.87 
 
 
292 aa  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3568  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000801902  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  28.62 
 
 
298 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1449  dihydrodipicolinate synthetase family protein  24 
 
 
304 aa  90.1  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.365355  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  29.93 
 
 
296 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  25.6 
 
 
304 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000117821  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1427  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 
302 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.544407 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  28.66 
 
 
297 aa  89.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0667  dihydrodipicolinate synthase  26.35 
 
 
332 aa  89.4  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03187  dihydrodipicolinate synthase  29.06 
 
 
297 aa  89.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1098  dihydrodipicolinate synthase  31.35 
 
 
296 aa  89.4  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.429598  normal  0.674716 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  27.72 
 
 
314 aa  89.4  8e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2280  dihydrodipicolinate synthetase  27.69 
 
 
306 aa  89.4  8e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0107583  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  23.89 
 
 
303 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.107378 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1402  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  89  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000702013  hitchhiker  4.69848e-20 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3540  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322291  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3558  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.238358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0846  dihydrodipicolinate synthase  28.62 
 
 
292 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144357 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3935  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000721965  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0987  dihydrodipicolinate synthase  28.9 
 
 
294 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1068  dihydrodipicolinate synthase  30.23 
 
 
294 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.740256 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3810  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.27976e-50 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2493  dihydrodipicolinate synthase  29.25 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.667256 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3846  dihydrodipicolinate synthase  26.55 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000642983  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1271  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 
294 aa  87.8  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000148368  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1083  dihydrodipicolinate synthase  28.48 
 
 
294 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0824572  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  25.2 
 
 
304 aa  87.4  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1200  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 
296 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1415  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 
294 aa  86.7  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1104  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 
319 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1347  dihydrodipicolinate synthase  26.97 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0665282  decreased coverage  0.0000471677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1691  dihydrodipicolinate synthase  29.52 
 
 
292 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.719895  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3473  dihydrodipicolinate synthase  27.95 
 
 
292 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0644338  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  29.08 
 
 
292 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2602  dihydrodipicolinate synthase  30.03 
 
 
296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2563  dihydrodipicolinate synthase  29.2 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.122823  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1731  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 
291 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.527965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  28.29 
 
 
292 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1306  dihydrodipicolinate synthase  27.42 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.11769  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1459  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 
295 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.503779 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  28.31 
 
 
292 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1365  dihydrodipicolinate synthase  27.42 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00312051  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  25.52 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  26.76 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>