More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0067 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  56.38 
 
 		 821 aa  731    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  54.69 
 
 		 824 aa  826    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  46.38 
 
 		 846 aa  642    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  54.21 
 
 		 825 aa  809    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  52.08 
 
 		 872 aa  792    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  74.02 
 
 		 821 aa  1169    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  74.02 
 
 		 821 aa  1168    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  56.54 
 
 		 854 aa  806    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  52.26 
 
 		 870 aa  806    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  60.83 
 
 		 818 aa  953    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  50.69 
 
 		 877 aa  791    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  100 
 
 		 820 aa  1621    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  54.89 
 
 		 825 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  54.61 
 
 		 829 aa  817    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  57.02 
 
 		 826 aa  818    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  47.32 
 
 		 822 aa  650    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  56.95 
 
 		 850 aa  794    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  62.67 
 
 		 832 aa  974    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  59.21 
 
 		 821 aa  845    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  53.99 
 
 		 825 aa  769    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  70.12 
 
 		 821 aa  1103    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  56.54 
 
 		 833 aa  841    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  57.02 
 
 		 823 aa  752    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  52.95 
 
 		 814 aa  699    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  53.98 
 
 		 837 aa  766    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  46.29 
 
 		 824 aa  662    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  53.51 
 
 		 825 aa  789    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  44.77 
 
 		 827 aa  634  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  46.5 
 
 		 822 aa  630  1e-179  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  43.96 
 
 		 828 aa  626  1e-178  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.03 
 
 		 809 aa  620  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  45.33 
 
 		 809 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  45.45 
 
 		 824 aa  617  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.09 
 
 		 824 aa  615  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.17 
 
 		 853 aa  618  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.17 
 
 		 829 aa  617  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  46.89 
 
 		 838 aa  616  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  45.33 
 
 		 809 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  44.43 
 
 		 900 aa  614  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.33 
 
 		 824 aa  615  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.09 
 
 		 809 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.04 
 
 		 834 aa  614  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.21 
 
 		 809 aa  611  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.21 
 
 		 809 aa  611  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.21 
 
 		 824 aa  611  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  45.24 
 
 		 844 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  45.05 
 
 		 842 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.43 
 
 		 833 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  46.36 
 
 		 838 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  46.14 
 
 		 832 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.29 
 
 		 820 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  42.37 
 
 		 842 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.14 
 
 		 812 aa  602  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  44.98 
 
 		 842 aa  600  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.54 
 
 		 824 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  45.06 
 
 		 917 aa  596  1e-169  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  44.54 
 
 		 842 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  45.26 
 
 		 844 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  41.42 
 
 		 822 aa  598  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  41.95 
 
 		 864 aa  596  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.12 
 
 		 814 aa  593  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.23 
 
 		 820 aa  595  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.88 
 
 		 821 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  46.25 
 
 		 860 aa  594  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.29 
 
 		 824 aa  595  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.29 
 
 		 824 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.42 
 
 		 824 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.14 
 
 		 812 aa  592  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  45.1 
 
 		 848 aa  589  1e-167  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.05 
 
 		 824 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  43.89 
 
 		 847 aa  588  1e-166  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  44.74 
 
 		 834 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  43.68 
 
 		 839 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  45.42 
 
 		 844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  44.71 
 
 		 842 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  41.65 
 
 		 840 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  45.4 
 
 		 808 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  44.98 
 
 		 798 aa  582  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  44.42 
 
 		 829 aa  579  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  45.52 
 
 		 808 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  44.47 
 
 		 842 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.81 
 
 		 825 aa  570  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1355  ATP-dependent helicase HrpB  46.75 
 
 		 817 aa  566  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.166416  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  42.82 
 
 		 841 aa  568  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  39.39 
 
 		 826 aa  565  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  42.53 
 
 		 830 aa  568  1e-160  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  42.63 
 
 		 837 aa  567  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  44.92 
 
 		 808 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  43.91 
 
 		 798 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  42.17 
 
 		 844 aa  560  1e-158  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  41.08 
 
 		 835 aa  554  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  45.61 
 
 		 830 aa  555  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  41.08 
 
 		 835 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  43.56 
 
 		 823 aa  550  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  41.11 
 
 		 833 aa  550  1e-155  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  39.76 
 
 		 846 aa  551  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  42.87 
 
 		 826 aa  550  1e-155  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  41.93 
 
 		 834 aa  548  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  40.12 
 
 		 835 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4302  ATP-dependent helicase HrpB  38.39 
 
 		 845 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>