38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0062 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0062  hypothetical protein  100 
 
 
186 aa  381  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4316  protein of unknown function DUF1052  75.47 
 
 
164 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0131225  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3988  protein of unknown function DUF1052  75.47 
 
 
164 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3272  hypothetical protein  73.55 
 
 
174 aa  236  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4040  hypothetical protein  67.09 
 
 
182 aa  221  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.612895  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0132  hypothetical protein  65.24 
 
 
176 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00369415  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0138  hypothetical protein  68.42 
 
 
164 aa  211  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0151  hypothetical protein  64.47 
 
 
164 aa  204  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0573  protein of unknown function DUF1052  65.69 
 
 
152 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.808263  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0375  hypothetical protein  63.5 
 
 
160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0717  hypothetical protein  62.77 
 
 
159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0132  hypothetical protein  61.31 
 
 
159 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7672  hypothetical protein  58.7 
 
 
160 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0112  hypothetical protein  62.04 
 
 
163 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0068  hypothetical protein  56.3 
 
 
157 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.721927  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2157  protein of unknown function DUF1052  57.78 
 
 
161 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0232  hypothetical protein  59.85 
 
 
163 aa  161  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.855134  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2789  protein of unknown function DUF1052  56.3 
 
 
161 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  0.542945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2894  protein of unknown function DUF1052  56.3 
 
 
161 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.696295  normal  0.077978 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2667  hypothetical protein  56.3 
 
 
176 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.616956 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1144  hypothetical protein  54.61 
 
 
170 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.896319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0307  hypothetical protein  56.3 
 
 
152 aa  150  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.645888  normal  0.0582971 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1054  protein of unknown function DUF1052  50 
 
 
180 aa  145  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1437  hypothetical protein  51.56 
 
 
158 aa  143  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4208  hypothetical protein  48.57 
 
 
152 aa  143  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2903  hypothetical protein  47.74 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0021  hypothetical protein  47.48 
 
 
162 aa  136  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0469027  normal  0.0489238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1550  hypothetical protein  46.03 
 
 
158 aa  114  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0501323 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2407  hypothetical protein  49.53 
 
 
155 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.745007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0751  hypothetical protein  49.53 
 
 
167 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0425  hypothetical protein  45.6 
 
 
167 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.844666  normal  0.0652536 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2122  hypothetical protein  41.6 
 
 
155 aa  103  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.653623  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3406  hypothetical protein  42.31 
 
 
150 aa  97.8  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2989  hypothetical protein  41.04 
 
 
159 aa  96.3  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0369405 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0242  hypothetical protein  40 
 
 
167 aa  95.1  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3412  hypothetical protein  36.62 
 
 
165 aa  83.6  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.553828  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2823  hypothetical protein  39.84 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.198959  normal  0.0930467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2244  hypothetical protein  35.04 
 
 
146 aa  79.3  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>