More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0056 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  47.37 
 
 		 1180 aa  958    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  39.75 
 
 		 1165 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  47.45 
 
 		 1180 aa  959    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  64.72 
 
 		 1183 aa  1487    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  100 
 
 		 1182 aa  2384    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  39.67 
 
 		 1164 aa  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  39.83 
 
 		 1155 aa  809    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  65.48 
 
 		 1183 aa  1484    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  39.56 
 
 		 1187 aa  661    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  46.93 
 
 		 1180 aa  933    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 		 1164 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  38.73 
 
 		 1159 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  48.5 
 
 		 1177 aa  965    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  39.42 
 
 		 1161 aa  676    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.84 
 
 		 1156 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  58.93 
 
 		 1189 aa  1264    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  39.93 
 
 		 1156 aa  714    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  37.81 
 
 		 1161 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  39.61 
 
 		 1147 aa  627  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  40.57 
 
 		 1167 aa  624  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  36.98 
 
 		 1162 aa  623  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  36.84 
 
 		 1202 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  39.09 
 
 		 1147 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  39.02 
 
 		 1147 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  39.48 
 
 		 1157 aa  598  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  37.31 
 
 		 1151 aa  586  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  40.55 
 
 		 1157 aa  579  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.14 
 
 		 1185 aa  551  1e-155  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.3 
 
 		 1183 aa  542  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.95 
 
 		 1124 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  40.67 
 
 		 1157 aa  524  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  35.41 
 
 		 1157 aa  515  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  36.46 
 
 		 1106 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  34.31 
 
 		 1125 aa  508  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  34.9 
 
 		 1121 aa  509  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  34.24 
 
 		 1120 aa  496  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  35.89 
 
 		 1119 aa  493  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 1161 aa  479  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  31.12 
 
 		 1089 aa  466  9.999999999999999e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.34 
 
 		 1166 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.21 
 
 		 1106 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  33.75 
 
 		 1142 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.35 
 
 		 854 aa  373  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.38 
 
 		 860 aa  358  5e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 1147 aa  335  3e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 1173 aa  250  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  28.96 
 
 		 1177 aa  245  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  29.58 
 
 		 1173 aa  239  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.24 
 
 		 1089 aa  195  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.78 
 
 		 1187 aa  193  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.17 
 
 		 1197 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.02 
 
 		 907 aa  181  4.999999999999999e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.64 
 
 		 1080 aa  181  1e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.98 
 
 		 1204 aa  175  5e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 		 1087 aa  164  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 		 1117 aa  161  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 1140 aa  155  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 		 1168 aa  150  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 1095 aa  147  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.28 
 
 		 1086 aa  144  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 		 1115 aa  144  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1061 aa  143  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  24.2 
 
 		 1185 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  24.2 
 
 		 1248 aa  130  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  23.26 
 
 		 1173 aa  128  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.41 
 
 		 1110 aa  129  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  23.49 
 
 		 1161 aa  127  9e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 		 1149 aa  126  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  23.71 
 
 		 1121 aa  125  7e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  26.45 
 
 		 1282 aa  124  8e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 1240 aa  123  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.42 
 
 		 1101 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.49 
 
 		 1101 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.31 
 
 		 1186 aa  119  3e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.33 
 
 		 1057 aa  117  8.999999999999998e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  28.95 
 
 		 1226 aa  117  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 1196 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.11 
 
 		 1230 aa  116  2.0000000000000002e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  27.26 
 
 		 1047 aa  116  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 1131 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  26.15 
 
 		 933 aa  115  4.0000000000000004e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.75 
 
 		 1392 aa  115  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 1182 aa  115  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.92 
 
 		 1240 aa  115  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  22.55 
 
 		 1052 aa  114  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.16 
 
 		 1203 aa  114  8.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.12 
 
 		 1118 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.68 
 
 		 725 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.27 
 
 		 742 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  25.8 
 
 		 1165 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.6 
 
 		 1251 aa  109  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  23.94 
 
 		 923 aa  106  2e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  25.5 
 
 		 739 aa  105  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  23.49 
 
 		 1120 aa  104  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2005  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.97 
 
 		 1155 aa  104  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 		 725 aa  103  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  24.66 
 
 		 1076 aa  103  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.66 
 
 		 1244 aa  102  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 		 705 aa  102  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 1103 aa  102  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>