34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0040 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0040  hypothetical protein  100 
 
 
192 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0016  hypothetical protein  46.1 
 
 
174 aa  131  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.864114  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3181  hypothetical protein  42.75 
 
 
178 aa  106  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7096  hypothetical protein  38.46 
 
 
172 aa  94  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0801  hypothetical protein  41.04 
 
 
158 aa  91.7  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.647534  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1562  hypothetical protein  34.44 
 
 
180 aa  90.9  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2282  hypothetical protein  38.52 
 
 
166 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6173  hypothetical protein  34.15 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.226286 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1721  hypothetical protein  34.65 
 
 
178 aa  72  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2986  hypothetical protein  39.5 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000138173  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2237  hypothetical protein  33.59 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0281  hypothetical protein  33.33 
 
 
158 aa  67.4  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.721924  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2212  hypothetical protein  32.33 
 
 
158 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.894625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6460  hypothetical protein  31.25 
 
 
175 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2877  hypothetical protein  31.91 
 
 
165 aa  61.2  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1987  hypothetical protein  41.98 
 
 
153 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3838  hypothetical protein  30.08 
 
 
152 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.909163 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1996  hypothetical protein  28.95 
 
 
181 aa  59.3  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3579  hypothetical protein  38.75 
 
 
153 aa  58.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1647  hypothetical protein  31.78 
 
 
152 aa  57.8  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152626  normal  0.355337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7095  hypothetical protein  40.7 
 
 
159 aa  56.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141009  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2822  hypothetical protein  33.11 
 
 
162 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779408  normal  0.185946 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5091  hypothetical protein  29.41 
 
 
157 aa  56.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3346  hypothetical protein  26.95 
 
 
173 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0203915 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1791  hypothetical protein  28.45 
 
 
151 aa  51.2  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00490564  normal  0.234102 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1655  cellulosome protein dockerin type I  26.61 
 
 
435 aa  51.2  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000388378  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4624  hypothetical protein  35.23 
 
 
156 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0299  hypothetical protein  30.4 
 
 
154 aa  50.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000250454 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1995  hypothetical protein  34.15 
 
 
172 aa  49.3  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3974  hypothetical protein  40.91 
 
 
160 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.096944  normal  0.0332005 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4034  hypothetical protein  40.91 
 
 
160 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3960  hypothetical protein  40.91 
 
 
160 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3575  hypothetical protein  25.18 
 
 
173 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2232  hypothetical protein  34.67 
 
 
157 aa  43.9  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>