179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0011 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0011  DNA repair protein  100 
 
 
179 aa  352  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.27196  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4270  Smr protein/MutS2  67.24 
 
 
188 aa  222  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3944  Smr protein/MutS2  65.71 
 
 
189 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.546577  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3218  Smr protein/MutS2  60.12 
 
 
191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2076  Smr family protein  50.28 
 
 
200 aa  164  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1996  Smr family protein  49.72 
 
 
200 aa  162  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0844  Smr protein/MutS2  48.55 
 
 
205 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0419  Smr protein/MutS2  40.66 
 
 
198 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3487  Smr protein/MutS2  44.58 
 
 
180 aa  114  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0402  Smr protein/MutS2  41.38 
 
 
197 aa  111  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953066  normal  0.213623 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1293  Smr domain-containing protein  52.88 
 
 
195 aa  107  8.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.564372  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0119  Smr protein/MutS2  41.86 
 
 
196 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3715  Smr protein/MutS2  48.36 
 
 
211 aa  104  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.465201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0154  hypothetical protein  41.24 
 
 
191 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0307  Smr protein/MutS2  42.44 
 
 
194 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0301  Smr protein/MutS2  54.55 
 
 
202 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1376  Smr protein/MutS2  50 
 
 
185 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.104289  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3602  Smr protein/MutS2-like  50 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0423401  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1000  Smr protein/MutS2  49.55 
 
 
186 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1679  Smr protein/MutS2  52.48 
 
 
262 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2050  Smr protein/MutS2  47.83 
 
 
196 aa  92.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398332  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1246  Smr protein/MutS2  44.17 
 
 
213 aa  92  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.731198  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3113  Smr protein/MutS2  36.76 
 
 
211 aa  92  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0109  Smr protein/MutS2  41.3 
 
 
192 aa  90.1  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0302228 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2982  Smr protein/MutS2  32.78 
 
 
199 aa  87.4  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1562  Smr protein/MutS2  47.52 
 
 
256 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1841  Smr protein/MutS2  46.53 
 
 
261 aa  84.7  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.1304  normal  0.613654 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2787  Smr protein/MutS2  44.76 
 
 
202 aa  84.3  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106196  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0189  Smr protein/MutS2  34.57 
 
 
203 aa  84.3  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524914  normal  0.882367 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1144  Smr protein/MutS2  45.79 
 
 
200 aa  84.3  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00126532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5040  Smr protein/MutS2  46 
 
 
179 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2902  Smr protein/MutS2  45.71 
 
 
198 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1241  putative Smr protein/MutS2  45.71 
 
 
198 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0952  Smr domain-containing protein  31.13 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2678  Smr protein/MutS2  45.71 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676397  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3443  Smr protein/MutS2  44.23 
 
 
197 aa  77.4  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0279  Smr protein/MutS2 C-terminal  27.21 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2853  Smr protein/MutS2  39.05 
 
 
200 aa  71.2  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241064  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1014  smr domain-containing protein  37.96 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.883954  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0169  Smr domain-containing protein  36 
 
 
369 aa  68.6  0.00000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3896  Smr protein/MutS2  32.53 
 
 
234 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000432884  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0415  Smr protein/MutS2  32.69 
 
 
253 aa  67  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0797  Smr domain-containing protein  29.03 
 
 
189 aa  65.9  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0369  Smr protein/MutS2  35.25 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0350  Smr protein/MutS2  37.5 
 
 
232 aa  64.3  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000775937 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0510  Smr protein/MutS2  39.58 
 
 
240 aa  63.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3354  Smr protein/MutS2  40.82 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3162  Smr protein/MutS2  35.42 
 
 
450 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0140456 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0391  Smr protein/MutS2  31.07 
 
 
232 aa  62.4  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0494  Smr protein/MutS2  42.06 
 
 
259 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0934  Smr protein/MutS2  42.06 
 
 
259 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0973  Smr protein/MutS2  42.06 
 
 
259 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0845  Smr protein/MutS2  42.06 
 
 
259 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1431  Smr protein/MutS2  38.1 
 
 
178 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2425  Smr protein/MutS2  41.12 
 
 
292 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1036  Smr protein/MutS2  40.4 
 
 
299 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.407236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0493  Smr protein/MutS2  34.58 
 
 
180 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.769086 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4076  Smr protein/MutS2-like  41.12 
 
 
278 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3443  hypothetical protein  40.4 
 
 
252 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.840261 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1679  Smr protein/MutS2  38.14 
 
 
275 aa  58.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.617343 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3940  Smr protein/MutS2-like  36.45 
 
 
270 aa  58.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0633  Smr protein/MutS2  39.39 
 
 
266 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4083  Smr protein/MutS2  36.45 
 
 
221 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0867  Smr domain-containing protein  38.83 
 
 
197 aa  58.5  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.283127  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1178  Smr protein/MutS2  33.98 
 
 
364 aa  58.5  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4050  Smr protein/MutS2  36.45 
 
 
221 aa  58.5  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0927  Smr protein/MutS2  36.46 
 
 
225 aa  58.2  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.238987 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2552  Smr protein/MutS2-like  35.85 
 
 
242 aa  57.8  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000049818  hitchhiker  0.000000000032251 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1559  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
247 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16681  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0904  Smr protein/MutS2  32.92 
 
 
213 aa  57.8  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2124  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0481849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3080  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0788  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.156735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2620  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0482206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2992  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.403877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3046  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.641252  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1992  Smr domain-containing protein  37.38 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2224  hypothetical protein  35.35 
 
 
189 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1118  Smr protein/MutS2  38.54 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.348021  normal  0.272827 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0833  Smr protein/MutS2  40.21 
 
 
259 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2696  hypothetical protein  39.39 
 
 
234 aa  55.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2253  hypothetical protein  34.34 
 
 
189 aa  55.5  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1441  Smr protein/MutS2-like  31.07 
 
 
313 aa  55.5  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000139751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2056  Smr protein/MutS2  33.33 
 
 
196 aa  55.1  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000826429  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1070  transcription factor jumonji, jmjC  32.54 
 
 
190 aa  55.1  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0284  Smr protein/MutS2  37.62 
 
 
196 aa  55.1  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2260  Smr protein/MutS2  29.1 
 
 
196 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00286788 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1815  hypothetical protein  28.41 
 
 
192 aa  55.1  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2169  Smr protein/MutS2  29.1 
 
 
196 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.240266 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0947  Smr protein/MutS2  37.62 
 
 
221 aa  54.7  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2124  Smr protein/MutS2  29.1 
 
 
196 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.114209  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0024  Smr protein/MutS2-like  34.33 
 
 
211 aa  54.7  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.415846  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4533  hypothetical protein  29.1 
 
 
196 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2247  Smr protein/MutS2  29.1 
 
 
213 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0545  Smr protein/MutS2  36 
 
 
186 aa  54.3  0.0000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1923  Smr protein/MutS2  34.65 
 
 
196 aa  54.7  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000517938  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2052  Smr protein/MutS2  34.65 
 
 
196 aa  54.3  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418346  normal  0.517442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3253  Smr protein/MutS2  36.94 
 
 
217 aa  53.9  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.669843  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2895  Smr protein/MutS2  36.59 
 
 
182 aa  54.3  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.972637  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2558  Smr protein/MutS2  32.5 
 
 
221 aa  53.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>