More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0006 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
236 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  67.37 
 
 
245 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  69.07 
 
 
242 aa  336  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  65.68 
 
 
240 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  63.79 
 
 
231 aa  311  3.9999999999999997e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  63.52 
 
 
234 aa  308  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  63.52 
 
 
234 aa  308  4e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  63.32 
 
 
242 aa  291  8e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.16 
 
 
234 aa  263  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.17 
 
 
238 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.32 
 
 
238 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  55.65 
 
 
230 aa  247  9e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 
236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.68 
 
 
232 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.39 
 
 
240 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 
231 aa  234  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 
231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
232 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 
239 aa  230  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.63 
 
 
231 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.88 
 
 
236 aa  229  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.64 
 
 
231 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 
239 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
236 aa  226  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
241 aa  225  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  53.04 
 
 
229 aa  225  6e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.04 
 
 
229 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.93 
 
 
235 aa  223  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.17 
 
 
237 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.74 
 
 
228 aa  223  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.59 
 
 
240 aa  222  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.77 
 
 
243 aa  222  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.56 
 
 
239 aa  220  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
230 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.66 
 
 
235 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.71 
 
 
231 aa  200  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.58 
 
 
243 aa  197  9e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.9 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.61 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.88 
 
 
238 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  46.28 
 
 
252 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.63 
 
 
239 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  47.54 
 
 
241 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  45.87 
 
 
245 aa  192  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 
243 aa  191  7e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  43.8 
 
 
245 aa  191  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.57 
 
 
243 aa  191  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  46.12 
 
 
244 aa  191  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  45.08 
 
 
245 aa  189  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  52 
 
 
236 aa  188  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  44.96 
 
 
236 aa  188  8e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.79 
 
 
239 aa  187  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.96 
 
 
232 aa  187  9e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  41.77 
 
 
233 aa  187  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
246 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.09 
 
 
237 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
246 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
246 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  41.77 
 
 
233 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
246 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  52.11 
 
 
241 aa  186  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.08 
 
 
253 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.38 
 
 
238 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 
246 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  46.06 
 
 
246 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  55.68 
 
 
244 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.34 
 
 
234 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  42.56 
 
 
244 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.68 
 
 
237 aa  185  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  46.06 
 
 
246 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.91 
 
 
230 aa  185  6e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  44.17 
 
 
244 aa  185  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  55.68 
 
 
244 aa  184  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.75 
 
 
226 aa  185  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.37 
 
 
231 aa  184  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  55.43 
 
 
242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  55.11 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  44.4 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  55.11 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  55.11 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.64 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.74 
 
 
232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  56 
 
 
242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  55.11 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  56 
 
 
242 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.91 
 
 
237 aa  182  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.72 
 
 
225 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 
243 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  56 
 
 
238 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  47.28 
 
 
240 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 
254 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 
254 aa  182  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>