More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0004 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  580  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  61.05 
 
 		 286 aa  364  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  61.13 
 
 		 285 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  60.78 
 
 		 285 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 284 aa  312  2.9999999999999996e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  55.23 
 
 		 289 aa  311  9e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  54.71 
 
 		 292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 282 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  52.21 
 
 		 279 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  53.65 
 
 		 280 aa  278  8e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  53.7 
 
 		 284 aa  274  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 		 283 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 285 aa  268  7e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.26 
 
 		 279 aa  264  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 278 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 291 aa  263  3e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 280 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 280 aa  256  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 277 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 279 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 278 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 288 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.94 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  50.69 
 
 		 287 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 276 aa  233  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  230  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  51.64 
 
 		 282 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.46 
 
 		 278 aa  229  6e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 278 aa  226  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 278 aa  225  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  46.49 
 
 		 282 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.35 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 276 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  45.99 
 
 		 283 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  39.05 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.83 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 273 aa  167  2.9999999999999998e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  39.46 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  39.77 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.93 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  38.69 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 265 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.26 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 277 aa  139  7e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  35.8 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 315 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 262 aa  135  9e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 275 aa  135  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 265 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.31 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.67 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>