More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_3138 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  100 
 
 
549 aa  1136    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  58.5 
 
 
551 aa  669    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  58.68 
 
 
551 aa  671    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  53.64 
 
 
548 aa  585  1e-166  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.04 
 
 
543 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  37.6 
 
 
567 aa  306  6e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  37.4 
 
 
559 aa  302  9e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  36 
 
 
523 aa  302  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  37.92 
 
 
578 aa  301  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  35.55 
 
 
579 aa  299  7e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  36.99 
 
 
593 aa  295  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  34.04 
 
 
572 aa  294  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  37.14 
 
 
574 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  37.72 
 
 
574 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  37.5 
 
 
574 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  36.75 
 
 
574 aa  289  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  36.49 
 
 
574 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  34.9 
 
 
570 aa  286  5.999999999999999e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  37.3 
 
 
561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  35.59 
 
 
566 aa  280  6e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  33.4 
 
 
567 aa  277  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  34.51 
 
 
561 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.1 
 
 
218 aa  181  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  49.05 
 
 
204 aa  181  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  45.5 
 
 
218 aa  181  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.24 
 
 
221 aa  177  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  43.4 
 
 
211 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  43.4 
 
 
211 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.87 
 
 
211 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  43.4 
 
 
211 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  47.66 
 
 
223 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  46.73 
 
 
223 aa  171  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  46.73 
 
 
223 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.02 
 
 
245 aa  169  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.62 
 
 
212 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  42.59 
 
 
238 aa  168  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  41.51 
 
 
211 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  42.65 
 
 
225 aa  167  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  41.51 
 
 
211 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  46.73 
 
 
223 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.13 
 
 
206 aa  166  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.13 
 
 
206 aa  166  9e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.13 
 
 
206 aa  166  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.6 
 
 
225 aa  166  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.52 
 
 
250 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.4 
 
 
211 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.98 
 
 
250 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.6 
 
 
225 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  44.24 
 
 
224 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.81 
 
 
213 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  41.98 
 
 
211 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  43.6 
 
 
230 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  43.13 
 
 
225 aa  164  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  43.13 
 
 
225 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  46.26 
 
 
223 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  43.13 
 
 
225 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  43.13 
 
 
225 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  43.13 
 
 
225 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  43.19 
 
 
217 aa  163  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  42.45 
 
 
211 aa  163  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  42.33 
 
 
223 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.6 
 
 
225 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.98 
 
 
211 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  46.27 
 
 
234 aa  162  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  42.65 
 
 
226 aa  162  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  43.87 
 
 
215 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  46.26 
 
 
223 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.66 
 
 
219 aa  160  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  42.25 
 
 
217 aa  160  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  40.37 
 
 
216 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.74 
 
 
227 aa  160  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
244 aa  160  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  43.6 
 
 
225 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  45.79 
 
 
223 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  46.26 
 
 
223 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  41.51 
 
 
217 aa  158  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  41.51 
 
 
217 aa  158  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  42.38 
 
 
215 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
211 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.43 
 
 
215 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  41.43 
 
 
215 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
241 aa  156  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 
219 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  42.18 
 
 
222 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  40.72 
 
 
219 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  41.23 
 
 
217 aa  155  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  40 
 
 
238 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.57 
 
 
217 aa  155  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  40.76 
 
 
225 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  40.57 
 
 
222 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>