More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_1905 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
327 aa  666  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  2.25231e-11  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  94.5 
 
 
327 aa  633  1e-180  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  4.52918e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  76.15 
 
 
328 aa  520  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  74.92 
 
 
328 aa  501  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  74.62 
 
 
328 aa  499  1e-140  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  3.19642e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  73.39 
 
 
327 aa  492  1e-138  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  75.68 
 
 
336 aa  490  1e-137  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  67.82 
 
 
320 aa  436  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  65.71 
 
 
318 aa  430  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  64.56 
 
 
318 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  63.17 
 
 
318 aa  418  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  63.17 
 
 
318 aa  418  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  63.23 
 
 
332 aa  414  1e-115  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  63.23 
 
 
319 aa  416  1e-115  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  62.58 
 
 
332 aa  411  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  61.27 
 
 
316 aa  404  1e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  61.98 
 
 
320 aa  395  1e-109  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.52 
 
 
335 aa  337  1e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.5 
 
 
332 aa  333  2e-90  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.63 
 
 
418 aa  328  8e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.56 
 
 
333 aa  322  8e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.29 
 
 
335 aa  321  1e-86  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  47.3 
 
 
417 aa  321  1e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.23 
 
 
417 aa  320  2e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  48.18 
 
 
416 aa  320  2e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.23 
 
 
417 aa  320  2e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.97 
 
 
335 aa  318  5e-86  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  47.5 
 
 
398 aa  318  1e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.92 
 
 
344 aa  318  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.16 
 
 
455 aa  316  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.92 
 
 
344 aa  314  1e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.28 
 
 
344 aa  314  2e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.9 
 
 
350 aa  309  3e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.13 
 
 
335 aa  310  3e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  51.61 
 
 
320 aa  305  1e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
377 aa  297  1e-79  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.26 
 
 
377 aa  297  2e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  49.84 
 
 
314 aa  297  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.81 
 
 
410 aa  297  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.34 
 
 
386 aa  293  3e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  52.13 
 
 
295 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.33 
 
 
378 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  45 
 
 
390 aa  287  1e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  44.69 
 
 
390 aa  286  3e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
376 aa  285  6e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.01 
 
 
399 aa  281  7e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  48.43 
 
 
310 aa  280  2e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.37 
 
 
376 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  49.5 
 
 
389 aa  278  9e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
425 aa  274  1e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.68 
 
 
423 aa  274  2e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
444 aa  273  4e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
451 aa  272  5e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  46.01 
 
 
409 aa  272  6e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.01 
 
 
409 aa  272  6e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.98 
 
 
392 aa  272  6e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.44 
 
 
379 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.44 
 
 
379 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
435 aa  271  8e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
420 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  47.85 
 
 
422 aa  270  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.01 
 
 
413 aa  269  4e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.17 
 
 
378 aa  269  6e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  45.31 
 
 
422 aa  268  6e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.45 
 
 
420 aa  268  9e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.51 
 
 
372 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
397 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
393 aa  266  4e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  48.17 
 
 
367 aa  266  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.72 
 
 
409 aa  266  4e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0824  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.83 
 
 
455 aa  265  6e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00671165  hitchhiker  0.000482481 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
559 aa  265  8e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
394 aa  265  8e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.63 
 
 
384 aa  265  8e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4016  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  44.63 
 
 
452 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0626871  normal  0.0433462 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.16 
 
 
394 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.02 
 
 
295 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0569  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like  46.71 
 
 
311 aa  264  2e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544782 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3197  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.33 
 
 
385 aa  263  3e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119315  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  44.85 
 
 
616 aa  263  4e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  44.82 
 
 
555 aa  262  7e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1704  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  43.97 
 
 
478 aa  261  9e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.602243  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1427  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.18 
 
 
504 aa  261  9e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.744088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2406  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.67 
 
 
444 aa  261  9e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00127973  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.67 
 
 
387 aa  261  1e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  43.79 
 
 
495 aa  261  1e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.34 
 
 
369 aa  260  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 
374 aa  260  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  7.00134e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  44.19 
 
 
561 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  44.95 
 
 
435 aa  259  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.26 
 
 
495 aa  259  4e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.85 
 
 
559 aa  259  4e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  44.3 
 
 
478 aa  259  5e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
480 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0996  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  44.69 
 
 
458 aa  259  6e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  2.05805e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
375 aa  259  6e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15880  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.85 
 
 
516 aa  258  7e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.876653  normal  0.155423 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
480 aa  258  7e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
480 aa  258  7e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.69 
 
 
372 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>