More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Athe_2343 on replicon NC_012034
Organism: Anaerocellum thermophilum DSM 6725



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
328 aa  667    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  45.79 
 
 
326 aa  295  7e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  45.79 
 
 
326 aa  295  7e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  46.62 
 
 
322 aa  291  1e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.13 
 
 
320 aa  290  2e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  46.58 
 
 
347 aa  287  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  46.3 
 
 
319 aa  282  5.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.66 
 
 
322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
328 aa  264  1e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
333 aa  257  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
321 aa  255  7e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.41 
 
 
324 aa  253  2.0000000000000002e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  40.89 
 
 
318 aa  250  2e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
333 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.76 
 
 
320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 
327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.45 
 
 
331 aa  242  6e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.46 
 
 
332 aa  240  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 
332 aa  240  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.99 
 
 
346 aa  240  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.46 
 
 
332 aa  240  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.46 
 
 
332 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.46 
 
 
332 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.53 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 
324 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 
332 aa  239  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 
332 aa  239  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 
324 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.02 
 
 
342 aa  239  5e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.73 
 
 
317 aa  239  5.999999999999999e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  39.32 
 
 
317 aa  235  6e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.53 
 
 
332 aa  235  7e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.57 
 
 
333 aa  235  8e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
326 aa  233  3e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.22 
 
 
335 aa  233  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.22 
 
 
351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.13 
 
 
332 aa  232  5e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 
336 aa  233  5e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.77 
 
 
308 aa  230  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 
325 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
346 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
321 aa  229  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.92 
 
 
353 aa  229  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 
333 aa  229  5e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.89 
 
 
333 aa  229  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
321 aa  228  8e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 
334 aa  228  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.82 
 
 
308 aa  228  1e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.44 
 
 
305 aa  228  1e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 
332 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  39.63 
 
 
335 aa  227  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 
347 aa  227  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.71 
 
 
327 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.05 
 
 
325 aa  226  4e-58  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.85 
 
 
350 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  42.35 
 
 
310 aa  226  4e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.32 
 
 
318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 
337 aa  226  6e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 
333 aa  226  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.19 
 
 
308 aa  225  7e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.23 
 
 
334 aa  225  8e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.31 
 
 
330 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.63 
 
 
306 aa  225  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.65 
 
 
356 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  38.89 
 
 
335 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.44 
 
 
335 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
343 aa  223  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.81 
 
 
321 aa  222  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
322 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.4 
 
 
322 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
322 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 
347 aa  222  7e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
322 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  38.12 
 
 
335 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.73 
 
 
354 aa  222  8e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.38 
 
 
308 aa  222  8e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.13 
 
 
321 aa  222  9e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 
330 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  40.66 
 
 
330 aa  221  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.06 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
326 aa  219  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  38.15 
 
 
346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.11 
 
 
334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.63 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.63 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 
341 aa  219  5e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  38.51 
 
 
322 aa  219  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 
337 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.21 
 
 
355 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.21 
 
 
355 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.21 
 
 
355 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.21 
 
 
355 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.21 
 
 
355 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.34 
 
 
356 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.31 
 
 
354 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.07 
 
 
322 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>