More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3337 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
301 aa  594  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  89 
 
 
300 aa  486  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  55.37 
 
 
301 aa  315  6e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.67 
 
 
301 aa  300  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.78 
 
 
313 aa  297  2e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  53.87 
 
 
308 aa  294  1e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.18 
 
 
330 aa  293  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  53.33 
 
 
301 aa  291  8e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.66 
 
 
321 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  53.87 
 
 
306 aa  271  1e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  48 
 
 
311 aa  259  4e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  47.56 
 
 
326 aa  253  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  49.67 
 
 
321 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.33 
 
 
291 aa  236  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.18 
 
 
303 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.25 
 
 
303 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.25 
 
 
303 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.21 
 
 
303 aa  209  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
303 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.5 
 
 
301 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.78 
 
 
303 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.06 
 
 
307 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.83 
 
 
304 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.91 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
328 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
304 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
304 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
304 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.55 
 
 
336 aa  198  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.18 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.72 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.8 
 
 
303 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.8 
 
 
303 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.8 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.83 
 
 
311 aa  195  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.46 
 
 
304 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.23 
 
 
305 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.46 
 
 
303 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
305 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.46 
 
 
303 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.03 
 
 
307 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.33 
 
 
304 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.77 
 
 
303 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.11 
 
 
304 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.11 
 
 
304 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  36.77 
 
 
303 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.8 
 
 
305 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.18 
 
 
301 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.3 
 
 
304 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.34 
 
 
313 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.49 
 
 
312 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.49 
 
 
312 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.7 
 
 
303 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.88 
 
 
303 aa  186  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.75 
 
 
301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.34 
 
 
301 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.72 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.28 
 
 
304 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.49 
 
 
304 aa  158  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.77 
 
 
304 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.43 
 
 
304 aa  149  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.07 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3944  dihydrodipicolinate synthase  35.48 
 
 
298 aa  124  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0787745  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  34.11 
 
 
308 aa  119  7e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  29.05 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7859  dihydrodipicolinate synthase  32.88 
 
 
308 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.31907  normal  0.873958 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3111  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  32.2 
 
 
313 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 
303 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  31.44 
 
 
291 aa  106  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  32.99 
 
 
294 aa  105  7e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  29.11 
 
 
297 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1389  dihydrodipicolinate synthase  33.11 
 
 
308 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  33.63 
 
 
295 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  33.63 
 
 
290 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25250  dihydrodipicolinate synthase  32.34 
 
 
341 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 
294 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  33.19 
 
 
294 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
291 aa  102  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1347  dihydrodipicolinate synthase  32.24 
 
 
308 aa  102  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0665282  decreased coverage  0.0000471677 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1199  dihydrodipicolinate synthase  31.74 
 
 
321 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0460895  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7523  dihydrodipicolinate synthase  31 
 
 
304 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664922  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  30.64 
 
 
292 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  31.23 
 
 
313 aa  102  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2144  dihydrodipicolinate synthase  34.23 
 
 
327 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00221445  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0791  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 
325 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0269832  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 
294 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5807  dihydrodipicolinate synthase  32.32 
 
 
298 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1583  dihydrodipicolinate synthase  31.42 
 
 
293 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.122353  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  32.62 
 
 
293 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  28.19 
 
 
293 aa  100  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1080  dihydrodipicolinate synthase  30.1 
 
 
305 aa  100  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0649604  hitchhiker  0.00385638 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0704  dihydrodipicolinate synthase  32.01 
 
 
291 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.55955  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  30.23 
 
 
291 aa  99.8  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 
291 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0097  dihydrodipicolinate synthase  30.49 
 
 
297 aa  99.8  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  35.42 
 
 
292 aa  99.4  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  28.9 
 
 
290 aa  99  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>