198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1409 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
474 aa  938    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  65.82 
 
 
463 aa  597  1e-169  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  59.13 
 
 
455 aa  473  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.55 
 
 
463 aa  363  2e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.55 
 
 
463 aa  363  2e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.11 
 
 
463 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.47 
 
 
483 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.39 
 
 
482 aa  355  1e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.11 
 
 
467 aa  349  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.89 
 
 
473 aa  344  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.2 
 
 
471 aa  342  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.12 
 
 
462 aa  323  5e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.38 
 
 
529 aa  320  3e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.57 
 
 
518 aa  320  5e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.71 
 
 
480 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.94 
 
 
450 aa  302  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.72 
 
 
450 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.01 
 
 
450 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.12 
 
 
450 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.12 
 
 
450 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.12 
 
 
450 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.48 
 
 
451 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.65 
 
 
450 aa  286  5.999999999999999e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.31 
 
 
450 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  41.78 
 
 
450 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.65 
 
 
517 aa  220  5e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.86 
 
 
471 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.18 
 
 
474 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.92 
 
 
466 aa  200  5e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.78 
 
 
466 aa  196  8.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.63 
 
 
459 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.55 
 
 
465 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.1 
 
 
470 aa  169  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.5 
 
 
460 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.95 
 
 
464 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.43 
 
 
467 aa  165  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 
529 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  32.46 
 
 
508 aa  160  3e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
517 aa  159  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 
486 aa  156  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.53 
 
 
470 aa  152  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.85 
 
 
510 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.9 
 
 
476 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.89 
 
 
486 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.33 
 
 
486 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.32 
 
 
479 aa  147  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.54 
 
 
483 aa  147  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.51 
 
 
474 aa  143  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.6 
 
 
477 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
497 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.57 
 
 
492 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.4 
 
 
484 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.56 
 
 
466 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.34 
 
 
486 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.28 
 
 
491 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.51 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.21 
 
 
478 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.25 
 
 
489 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.67 
 
 
502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.64 
 
 
496 aa  133  6.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.57 
 
 
486 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  24.84 
 
 
471 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.33 
 
 
464 aa  130  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.84 
 
 
471 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.34 
 
 
486 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  24.84 
 
 
471 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.53 
 
 
484 aa  127  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.03 
 
 
458 aa  123  6e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.15 
 
 
579 aa  122  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.99 
 
 
470 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.8 
 
 
492 aa  121  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.47 
 
 
484 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.47 
 
 
484 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.47 
 
 
484 aa  120  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.99 
 
 
478 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.71 
 
 
527 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.94 
 
 
474 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.8 
 
 
480 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
470 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.21 
 
 
479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.57 
 
 
470 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.8 
 
 
480 aa  114  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.85 
 
 
492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  27.29 
 
 
442 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.79 
 
 
476 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.19 
 
 
475 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.58 
 
 
495 aa  104  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  22.2 
 
 
462 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.74 
 
 
495 aa  103  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.27 
 
 
475 aa  103  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  22.08 
 
 
461 aa  103  8e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.69 
 
 
489 aa  100  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.19 
 
 
478 aa  100  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  21.7 
 
 
484 aa  100  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.01 
 
 
515 aa  99.8  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.01 
 
 
515 aa  99.8  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.01 
 
 
515 aa  99.8  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  24.49 
 
 
522 aa  99  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.17 
 
 
490 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.42 
 
 
515 aa  99  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>