More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_0617 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  100 
 
 		 314 aa  640    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  85.09 
 
 		 326 aa  558  1e-158  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  48.84 
 
 		 348 aa  305  7e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.43 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  49.33 
 
 		 299 aa  262  6.999999999999999e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  42.77 
 
 		 300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  44.79 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.16 
 
 		 275 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.77 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 297 aa  225  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  43.28 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  39.14 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  39.79 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 287 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 286 aa  215  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  44.63 
 
 		 287 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  44.63 
 
 		 287 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 285 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  39.6 
 
 		 296 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  46.59 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.65 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  37.01 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  35.99 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.27 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  35.67 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  35.13 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.67 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  42.5 
 
 		 206 aa  156  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.32 
 
 		 543 aa  98.2  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 204 aa  90.5  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.53 
 
 		 215 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  34.53 
 
 		 215 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.78 
 
 		 219 aa  89.7  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  25.75 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  30.04 
 
 		 245 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.61 
 
 		 218 aa  87.4  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  24.28 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_4215  predicted protein  31.61 
 
 		 357 aa  87  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  32 
 
 		 233 aa  86.7  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  23.97 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 239 aa  85.9  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  32.11 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  28.81 
 
 		 352 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  32.31 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.16 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  29.82 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  24.48 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 219 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  28 
 
 		 223 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.73 
 
 		 217 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.61 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  33.49 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.78 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  30.63 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.63 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  30.63 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.63 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.63 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>