More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_R0040 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  98.11 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  98.11 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  90.41 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  97.78 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  89.04 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  87.67 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  97.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  89.55 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  89.55 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  90.74 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0034  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000195804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0064  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0329997  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  90.74 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  95.24 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  95.24 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  90.74 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0008  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00012117  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0061  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000182131  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  92.45 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  90.57 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  89.23 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  97.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  90.57 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  97.3 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  87.67 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  89.47 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  97.22 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  92.31 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  86.11 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.87 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.87 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.87 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  94.87 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  94.87 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>