More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_1019 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  100 
 
 
686 aa  1371    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  39.15 
 
 
678 aa  480  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.78 
 
 
672 aa  472  1e-132  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.03 
 
 
676 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.45 
 
 
705 aa  465  1e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.41 
 
 
694 aa  464  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.89 
 
 
661 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.79 
 
 
677 aa  451  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.06 
 
 
672 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.31 
 
 
654 aa  436  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.03 
 
 
687 aa  431  1e-119  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.33 
 
 
643 aa  427  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.03 
 
 
810 aa  293  6e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.11 
 
 
736 aa  293  9e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  42.72 
 
 
408 aa  281  2e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  40.95 
 
 
573 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
557 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  39.02 
 
 
488 aa  270  4e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  38.38 
 
 
493 aa  269  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  40.45 
 
 
569 aa  269  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  40.45 
 
 
569 aa  269  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  42.82 
 
 
378 aa  269  1e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  42.82 
 
 
378 aa  269  2e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  41.5 
 
 
553 aa  268  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  37.57 
 
 
495 aa  267  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  40.96 
 
 
559 aa  267  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  40.96 
 
 
559 aa  267  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  38.92 
 
 
487 aa  266  7e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  32.4 
 
 
663 aa  266  7e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  41.06 
 
 
416 aa  266  8e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  41.24 
 
 
560 aa  266  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  40.4 
 
 
559 aa  266  8.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  37.67 
 
 
595 aa  266  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
558 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
558 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
558 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
558 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
558 aa  265  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
560 aa  264  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  40.38 
 
 
555 aa  264  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  37.4 
 
 
492 aa  264  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 
495 aa  264  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  38.46 
 
 
487 aa  264  4e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  36.26 
 
 
644 aa  263  6.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  37.7 
 
 
575 aa  263  8e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  38.16 
 
 
488 aa  262  1e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  37.3 
 
 
611 aa  262  1e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  38.35 
 
 
480 aa  262  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
479 aa  262  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
479 aa  262  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
491 aa  261  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
479 aa  262  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
491 aa  261  3e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  36.93 
 
 
490 aa  261  3e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
555 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
555 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
555 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  37.4 
 
 
496 aa  261  4e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
555 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
481 aa  261  4e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  37.39 
 
 
606 aa  260  5.0000000000000005e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  37.27 
 
 
427 aa  260  6e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
481 aa  260  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  38.42 
 
 
560 aa  260  7e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  40.4 
 
 
555 aa  260  7e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  37.32 
 
 
481 aa  259  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  37.78 
 
 
500 aa  259  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 
493 aa  259  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 
492 aa  259  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
589 aa  259  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 
492 aa  259  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
557 aa  259  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  40.66 
 
 
400 aa  259  1e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  38.62 
 
 
403 aa  259  1e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 
577 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  36.56 
 
 
488 aa  258  2e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  38.98 
 
 
555 aa  259  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
576 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
570 aa  259  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
577 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  37.92 
 
 
499 aa  258  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  36.25 
 
 
720 aa  259  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
570 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  38.41 
 
 
529 aa  259  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
576 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
576 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  39.55 
 
 
555 aa  258  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>