More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0770 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  100 
 
 
708 aa  1424    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  41.81 
 
 
762 aa  554  1e-156  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  44.08 
 
 
716 aa  540  9.999999999999999e-153  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  42.29 
 
 
788 aa  538  1e-151  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  41.53 
 
 
758 aa  535  1e-151  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  41.95 
 
 
751 aa  537  1e-151  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  41.18 
 
 
806 aa  532  1e-150  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  41.32 
 
 
806 aa  533  1e-150  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  41.18 
 
 
808 aa  532  1e-150  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  41.46 
 
 
804 aa  532  1e-150  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  41.18 
 
 
808 aa  532  1e-150  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  42.09 
 
 
751 aa  535  1e-150  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  41.18 
 
 
806 aa  532  1e-150  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  41.18 
 
 
812 aa  530  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  41.18 
 
 
810 aa  531  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  41.32 
 
 
808 aa  531  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  40.9 
 
 
814 aa  530  1e-149  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  40.98 
 
 
792 aa  527  1e-148  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  42.7 
 
 
716 aa  525  1e-147  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  41.35 
 
 
792 aa  521  1e-146  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  41.07 
 
 
706 aa  521  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  41.18 
 
 
790 aa  517  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  41.18 
 
 
790 aa  517  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  41.3 
 
 
722 aa  512  1e-144  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  41.99 
 
 
757 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  38.56 
 
 
715 aa  503  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  39.74 
 
 
763 aa  505  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  40.4 
 
 
706 aa  500  1e-140  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  38.93 
 
 
705 aa  502  1e-140  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.83 
 
 
752 aa  488  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  38.1 
 
 
759 aa  480  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  38.9 
 
 
709 aa  474  1e-132  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  39.89 
 
 
710 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  39.89 
 
 
710 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.96 
 
 
737 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.41 
 
 
763 aa  457  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.66 
 
 
840 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  37.9 
 
 
777 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.52 
 
 
737 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  37.08 
 
 
801 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.94 
 
 
903 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.98 
 
 
770 aa  447  1.0000000000000001e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  38.22 
 
 
810 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.54 
 
 
864 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.31 
 
 
720 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  35.53 
 
 
848 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  35.5 
 
 
876 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  38.66 
 
 
817 aa  442  9.999999999999999e-123  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  36.91 
 
 
771 aa  437  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  36.83 
 
 
733 aa  438  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  35.84 
 
 
1055 aa  438  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  35.63 
 
 
871 aa  435  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.53 
 
 
870 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  35.47 
 
 
722 aa  433  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.77 
 
 
801 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.67 
 
 
937 aa  432  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.3 
 
 
828 aa  432  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  37.78 
 
 
796 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  38.87 
 
 
704 aa  431  1e-119  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.51 
 
 
726 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.36 
 
 
726 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.44 
 
 
861 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.35 
 
 
828 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  38.4 
 
 
766 aa  429  1e-118  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.8 
 
 
804 aa  428  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  35.84 
 
 
764 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.99 
 
 
803 aa  422  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.21 
 
 
827 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  35.69 
 
 
764 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.21 
 
 
827 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1425  ribonuclease R  37 
 
 
752 aa  424  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  38.77 
 
 
774 aa  423  1e-117  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.21 
 
 
827 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.89 
 
 
857 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.86 
 
 
857 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.72 
 
 
857 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.35 
 
 
886 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.35 
 
 
812 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.35 
 
 
896 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.35 
 
 
896 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.35 
 
 
838 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  39.19 
 
 
737 aa  421  1e-116  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.49 
 
 
895 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  34.63 
 
 
818 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.35 
 
 
838 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.35 
 
 
838 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  36.98 
 
 
865 aa  422  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  36.9 
 
 
726 aa  422  1e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.18 
 
 
758 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.58 
 
 
859 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2438  ribonuclease R  37.15 
 
 
719 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1983  exoribonuclease II  36.47 
 
 
744 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0944364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  33.98 
 
 
906 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  36.96 
 
 
746 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.21 
 
 
817 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.21 
 
 
817 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  34.25 
 
 
907 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  36.06 
 
 
801 aa  414  1e-114  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.01 
 
 
805 aa  416  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.61 
 
 
833 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>