More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0009 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_0009  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  100 
 
 
255 aa  513  1e-144  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  4.98773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2900  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.61 
 
 
252 aa  229  3e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00742668  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0437  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  46.05 
 
 
256 aa  218  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0400  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  42.86 
 
 
249 aa  194  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0319697  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01790  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  41.95 
 
 
267 aa  193  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.638502 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0455  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  40.34 
 
 
284 aa  192  4e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.333404  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0974  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.53 
 
 
376 aa  186  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.279124 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  40.53 
 
 
353 aa  183  2e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2905  Sig B/F/G subfamily RNA polymerase sigma-28  42.08 
 
 
259 aa  182  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.326727  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5363  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  39.65 
 
 
268 aa  181  9e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3755  sigma 28 subunit  41.18 
 
 
338 aa  180  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0559  RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
267 aa  178  8e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1393  sigma-70 region 4 domain-containing protein  37.7 
 
 
260 aa  176  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0296356  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0564  RNA polymerase, sigma 28 subunit  40.18 
 
 
287 aa  174  8e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.244424  normal  0.87971 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3793  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  36.2 
 
 
326 aa  174  1e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.125919  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3691  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  40.27 
 
 
276 aa  173  2e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1715  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.64 
 
 
270 aa  173  2e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3692  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  40.27 
 
 
267 aa  172  4e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.364276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8303  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  39.56 
 
 
266 aa  171  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.477375  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2112  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  38.46 
 
 
360 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2294  anti-sigma-factor antagonist  37.55 
 
 
374 aa  167  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.942803  normal  0.0240973 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2142  sigma-70 region 2 domain-containing protein  37.55 
 
 
284 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.297323  normal  0.128757 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1358  RNA polymerase, sigma 28 subunit  34.51 
 
 
258 aa  166  3e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.317901  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3813  sigma-70 region 2 domain-containing protein  36.49 
 
 
257 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27140  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.45 
 
 
266 aa  162  6e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.967922  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13315  RNA polymerase sigma factor SigF  36.61 
 
 
261 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1298  RNA polymerase sigma factor SigF  36.61 
 
 
263 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0930015  normal  0.0420903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1310  RNA polymerase sigma factor SigF  36.61 
 
 
263 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1281  RNA polymerase sigma factor SigF  36.61 
 
 
263 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167478  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4789  RNA polymerase sigma factor SigF  37.05 
 
 
262 aa  159  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0939042  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1660  RNA polymerase sigma factor SigF  36.61 
 
 
262 aa  159  6e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1921  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  36.29 
 
 
366 aa  158  8e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3871  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.65 
 
 
342 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0733317 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5429  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.29 
 
 
276 aa  155  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3872  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.36 
 
 
270 aa  155  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.103123 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1677  RNA polymerase sigma factor SigB  31.71 
 
 
256 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2927  RNA polymerase sigma factor SigF  36.07 
 
 
269 aa  152  3e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.308919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2897  RNA polymerase sigma factor SigF  36.07 
 
 
269 aa  152  3e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.902875  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2941  RNA polymerase sigma factor SigF  36.07 
 
 
269 aa  152  3e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.573182  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  36.89 
 
 
287 aa  153  3e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.283313 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1813  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  34.47 
 
 
258 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0724574  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2531  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
242 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2799  RNA polymerase sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.86 
 
 
267 aa  148  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0149065  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0903  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
257 aa  148  8e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2101  RNA polymerase sigma factor SigB  33.33 
 
 
256 aa  147  1e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0557419  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2138  RNA polymerase sigma factor SigB  33.33 
 
 
256 aa  147  1e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4270  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
257 aa  147  2e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0899706  hitchhiker  0.00271333 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1159  RNA polymerase sigma factor SigB  36.13 
 
 
257 aa  147  2e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0896  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
258 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1334  RNA polymerase sigma factor  36.68 
 
 
308 aa  145  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3805  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.36 
 
 
301 aa  145  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0928  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
258 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1068  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
257 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67062e-37 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0992  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
257 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0565  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.89 
 
 
310 aa  145  6e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0913  RNA polymerase sigma factor SigB  35.71 
 
 
258 aa  144  9e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.35438e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2068  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.81 
 
 
261 aa  145  9e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7186  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  34.22 
 
 
263 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5399  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  33.48 
 
 
243 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.189435  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1033  RNA polymerase sigma factor SigB  35.29 
 
 
257 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0374  sporulation sigma factor SigF  37.76 
 
 
252 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0528  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  35.56 
 
 
285 aa  142  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.795075  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4845  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  33.77 
 
 
265 aa  141  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.059143  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1198  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.07 
 
 
313 aa  141  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.392398 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4292  RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-B/F/G subfamily  32.79 
 
 
276 aa  141  1e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.114987  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2250  sporulation sigma factor SigF  37.04 
 
 
250 aa  140  2e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3400  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  33.18 
 
 
262 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.543445  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4969  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.36 
 
 
308 aa  139  4e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0120  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.84 
 
 
246 aa  139  5e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0863  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  33.05 
 
 
245 aa  139  5e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3442  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  37.55 
 
 
261 aa  138  8e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2402  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  35.05 
 
 
285 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.138133 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2687  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.03 
 
 
284 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.198218  normal  0.0213055 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2642  RNA polymerase, sigma 28 subunit  33.03 
 
 
284 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3446  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.32 
 
 
273 aa  136  3e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.189666  normal  0.626224 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2671  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.58 
 
 
284 aa  135  7e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4485  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  34.53 
 
 
263 aa  135  8e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.719923  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2284  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  39.55 
 
 
249 aa  135  9e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3106  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  37.55 
 
 
258 aa  134  1e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.431084  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1559  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.55 
 
 
246 aa  134  2e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1925  sigma-70 region 4 domain-containing protein  32.94 
 
 
282 aa  132  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.31103  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1086  RNA polymerase sigma factor SigB  35.29 
 
 
257 aa  132  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1744  sporulation sigma factor SigF  34.35 
 
 
256 aa  131  8e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  34.39 
 
 
256 aa  129  5e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.78805e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0448  sporulation sigma factor SigG  36.21 
 
 
257 aa  128  8e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.43038e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2061  sporulation sigma factor SigG  36.21 
 
 
257 aa  127  1e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.47139e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1680  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  36.56 
 
 
232 aa  127  1e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2771  sporulation sigma factor SigF  35.96 
 
 
252 aa  127  2e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000547183  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4142  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  8.21538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3829  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  5.49151e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4294  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.728684  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1056  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.656155  normal  0.0661655 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3813  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3983  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00304797  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4094  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5515e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4182  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0460854  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4205  sporulation sigma factor SigF  35.09 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  2.45022e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3903  sporulation sigma factor SigF  34.65 
 
 
252 aa  125  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.715722  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0350  RNA polymerase, sigma 28 subunit  28.86 
 
 
275 aa  125  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0853  sporulation sigma factor SigG  33.76 
 
 
272 aa  125  7e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0182418  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>