298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0037 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0026  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0041  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0074  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0141548  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0073  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0138692  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0034  tRNA-Ile  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.766553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000282394  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.100652  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478102  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.921175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000017739  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.877588  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>