133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0036 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0024  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1323  tRNA-Trp  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000340383  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0644  tRNA-Trp  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0039  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.319425  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1220  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.28673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>