298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0031 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.495434 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0006  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000136534  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000000202158  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15520  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00156661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15490  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0014086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0036  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0037  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.212717 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0032  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165397  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0034  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0055  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.835398  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0040  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291928 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0038  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216536 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00103  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0839  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.75762e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0837  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.9888e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2748  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000195366  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00111  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00107  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00102  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05677  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02744  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00105  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2746  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000156843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02742  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2745  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159921  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2744  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000172539  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0033  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.688616  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00101  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00109  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>