76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0012 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0012  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05430  tRNA-Glu  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000667739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0007  tRNA-Glu  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0033  tRNA-Glu  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000114551  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.068843  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18590  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.2903  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18600  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.204503  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_895  tRNA-Glu  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000162495  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t31  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00120069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0021  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0027  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139828  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0015  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00567316  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0016  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.330685  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0040  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000576677  normal  0.10261 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0046  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.960937  normal  0.776399 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0034  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187046  normal  0.0177267 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0015  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000318423  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>