298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0005 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  89.01 
 
 		 126 bp  93.7  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0044  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00564577 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0004  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>