144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1267 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 185 aa  387  1e-107  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 204 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  40.22 
 
 		 183 aa  137  8.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  36.41 
 
 		 184 aa  120  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  30.94 
 
 		 184 aa  99.4  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 216 aa  86.3  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  44.32 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  35.51 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 174 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  37.5 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  40.66 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 201 aa  75.1  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  33.33 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  39.56 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  29.94 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  38.3 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  42.5 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  33.33 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 177 aa  67  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  34 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  29.94 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  36.63 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  31.31 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  35.45 
 
 		 223 aa  64.7  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  31.86 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 196 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  37.11 
 
 		 196 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  27.78 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 160 aa  63.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  34 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  40.96 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  28.44 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  33 
 
 		 184 aa  62  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 242 aa  61.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  29.29 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  27.22 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  33.33 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  39.76 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  39 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  25.54 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0298  PadR family transcriptional regulator  39 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  39 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  32.99 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  32.99 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  32.29 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  28.45 
 
 		 168 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  33.33 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2867  PadR-like family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.435148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2808  PadR-like family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  31.25 
 
 		 175 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4568  PadR-like family transcriptional regulator  32 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.167049 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  29.31 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  28.16 
 
 		 185 aa  50.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  32.91 
 
 		 178 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07680  predicted transcriptional regulator  25.49 
 
 		 166 aa  48.1  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  29.87 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4200  transcriptional regulator, PadR-like family  31.33 
 
 		 209 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  27.27 
 
 		 194 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0057  transcriptional regulator, PadR-like family  28.92 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  30.49 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>