More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1188 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
159 aa  315  1e-85  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  47.4 
 
 
161 aa  135  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  46.84 
 
 
158 aa  135  3e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  52.32 
 
 
156 aa  131  4e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  1.31275e-07  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  48.12 
 
 
159 aa  130  7e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  55.1 
 
 
156 aa  130  7e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  50.67 
 
 
155 aa  130  1e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  5.39704e-10 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0972  transcription elongation factor GreA  46.05 
 
 
158 aa  123  8e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  45.81 
 
 
161 aa  122  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.78945e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 
159 aa  122  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  49.29 
 
 
160 aa  121  4e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.92256e-24 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  47.44 
 
 
157 aa  120  1e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  44.97 
 
 
157 aa  119  1e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.58219e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  46.85 
 
 
164 aa  118  3e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.4894e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3557  transcription elongation factor GreA  48.37 
 
 
160 aa  117  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000103558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4226  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
175 aa  115  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  43.75 
 
 
162 aa  115  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  2.11465e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 
158 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 
158 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  43.12 
 
 
158 aa  114  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.92957e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  43.12 
 
 
158 aa  114  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0162  transcription elongation factor GreA  46.1 
 
 
156 aa  114  7e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.34558e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4112  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  113  9e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4275  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  113  9e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4607  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  113  9e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1100  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
159 aa  113  9e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.648513  normal  0.266643 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4123  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  113  9e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  43.48 
 
 
162 aa  113  1e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4459  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
175 aa  113  1e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0719149 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  42.5 
 
 
158 aa  113  1e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2238  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
159 aa  113  1e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0176047  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0737  transcription elongation factor GreA  41.06 
 
 
175 aa  113  1e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.718576  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4499  transcription elongation factor GreA  41.06 
 
 
175 aa  112  2e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  42.31 
 
 
160 aa  112  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  4.4733e-14  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0130  transcription elongation factor GreA  42.95 
 
 
163 aa  111  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  1.29551e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  46.15 
 
 
159 aa  111  4e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0174  transcription elongation factor GreA  41.67 
 
 
158 aa  109  1e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  1.53177e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1214  transcription elongation factor GreA  43.14 
 
 
158 aa  108  2e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  5.31032e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  41.36 
 
 
160 aa  108  3e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 
158 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0208  transcription elongation factor GreA  44.87 
 
 
158 aa  108  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  1.82043e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  42.68 
 
 
158 aa  106  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  42.68 
 
 
158 aa  106  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  44.37 
 
 
157 aa  106  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  42 
 
 
203 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  40.52 
 
 
158 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  42 
 
 
157 aa  106  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  41.18 
 
 
158 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 
158 aa  105  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  41.18 
 
 
158 aa  104  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 
158 aa  104  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  40.25 
 
 
176 aa  104  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  40.38 
 
 
158 aa  104  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 
154 aa  103  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  40.67 
 
 
157 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  42.95 
 
 
156 aa  103  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  7.16767e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
158 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  42.95 
 
 
156 aa  103  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  6.07304e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1667  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 
158 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0115  GreA/GreB family elongation factor  38.75 
 
 
159 aa  102  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.37367e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  43.87 
 
 
159 aa  102  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1701  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 
158 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 
158 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0250  transcription elongation factor GreA  42.21 
 
 
158 aa  102  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.27535e-05  normal  0.353375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 
165 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0158  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 
159 aa  102  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  43.71 
 
 
152 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 
174 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0660  transcription elongation factor GreA  42.86 
 
 
156 aa  100  7e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.143981  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  39.1 
 
 
159 aa  100  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1676  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 
155 aa  100  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.27836e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1174  transcription elongation factor GreA  43.04 
 
 
158 aa  100  9e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  43.17 
 
 
154 aa  100  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 
158 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  41.29 
 
 
157 aa  99.4  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  2.29317e-06 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  40.79 
 
 
157 aa  99  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 
159 aa  99.4  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.08338e-13  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  40.79 
 
 
158 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  39.47 
 
 
179 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  38.16 
 
 
160 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  39.87 
 
 
159 aa  98.2  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  38.16 
 
 
160 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  38.16 
 
 
160 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  40.76 
 
 
157 aa  97.8  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
168 aa  97.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 
158 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  40.52 
 
 
158 aa  97.4  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
157 aa  97.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 
158 aa  97.1  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf206  transcription elongation factor  39.44 
 
 
159 aa  96.3  1e-19  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  40.4 
 
 
152 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  40 
 
 
159 aa  95.5  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  38.22 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 
156 aa  95.9  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  43.51 
 
 
158 aa  95.9  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0116  transcription elongation factor GreA  46.1 
 
 
164 aa  96.3  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.84686e-07  hitchhiker  0.00194606 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  40.54 
 
 
158 aa  95.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  39.87 
 
 
158 aa  95.5  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 
158 aa  95.5  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>