More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1171 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1171  ribosomal protein L7/L12  100 
 
 		 126 aa  233  5.0000000000000005e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000534348  unclonable  0.0000000277278 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02420  LSU ribosomal protein L12P  73.02 
 
 		 126 aa  136  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.346451  normal  0.371005 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2330  ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 		 125 aa  135  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 		 128 aa  124  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0916  ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 		 127 aa  120  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.599285  normal  0.231708 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2177  ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 		 126 aa  120  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.866659 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 		 125 aa  119  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  54.76 
 
 		 121 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 123 aa  114  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 		 126 aa  114  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 		 127 aa  114  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 		 127 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23950  LSU ribosomal protein L12P  64.29 
 
 		 129 aa  112  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  52.38 
 
 		 122 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  52.38 
 
 		 122 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2701  ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 		 125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0719525 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08450  LSU ribosomal protein L12P  64.29 
 
 		 124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0838646  normal  0.398642 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29840  LSU ribosomal protein L12P  66.94 
 
 		 127 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  50 
 
 		 121 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  51.94 
 
 		 129 aa  111  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20970  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 		 129 aa  111  4.0000000000000004e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  52.38 
 
 		 121 aa  111  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 		 124 aa  110  5e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 		 125 aa  110  6e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1668  50S ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 		 126 aa  110  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 128 aa  110  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2989  50S ribosomal protein L12P / LSU ribosomal protein L12P  59.68 
 
 		 123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.201729  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5960  50S ribosomal protein L7/L12  68.6 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.45464  normal  0.865774 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2668  ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.555743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 		 125 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 		 126 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0866  50S ribosomal protein L7/L12  55.47 
 
 		 128 aa  108  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  60.63 
 
 		 127 aa  108  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  54.76 
 
 		 126 aa  108  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 		 127 aa  108  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 		 127 aa  107  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 		 126 aa  107  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2037  50S ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 		 125 aa  107  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0646478  normal  0.703058 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  53.17 
 
 		 126 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  53.17 
 
 		 126 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0699  50S ribosomal protein L7/L12  64.06 
 
 		 131 aa  107  7.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17260  LSU ribosomal protein L12P  62.7 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00694  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 		 125 aa  105  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000575262  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0227  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 		 124 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 127 aa  104  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3934  ribosomal protein L7/L12  60 
 
 		 128 aa  104  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.189008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0542  50S ribosomal protein L7/L12  62.31 
 
 		 133 aa  103  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.251524  normal  0.125779 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4326  ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 		 129 aa  104  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.488636 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  45.24 
 
 		 121 aa  104  5e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  55.56 
 
 		 124 aa  103  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0508  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 		 125 aa  103  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000524403  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0527  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 125 aa  103  9e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.359343  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2995  50S ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 		 127 aa  103  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1457  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000553031  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5100  50S ribosomal protein L7/L12  60.63 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.125465 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  60.94 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  53.97 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0751  ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.69161  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1888  50S ribosomal protein L7/L12  53.17 
 
 		 123 aa  101  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_862  ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 		 124 aa  101  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000472874  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3447  ribosomal protein L7/L12  54.76 
 
 		 121 aa  101  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00096763  hitchhiker  0.00626302 
 
 
-
 
NC_002936  DET0990  50S ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 		 124 aa  101  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00236758  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2655  50S ribosomal protein L7/L12  59.06 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.496978  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  51.59 
 
 		 122 aa  101  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0463  50S ribosomal protein L7/L12  54.69 
 
 		 128 aa  101  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.228162  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0478  50S ribosomal protein L7/L12  54.69 
 
 		 128 aa  101  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 		 124 aa  100  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03680  LSU ribosomal protein L12P  58.59 
 
 		 131 aa  100  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.770904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3336  50S ribosomal protein L7/L12  64.29 
 
 		 126 aa  100  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000195051 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1737  50S ribosomal protein L7/L12  50.76 
 
 		 132 aa  100  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0631  50S ribosomal protein L7/L12  57.03 
 
 		 128 aa  100  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.141708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1761  50S ribosomal protein L7/L12  50.76 
 
 		 132 aa  100  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1548  ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 127 aa  100  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.852192 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0298  50S ribosomal protein L12P  62.99 
 
 		 130 aa  100  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4010  50S ribosomal protein L7/L12  54.96 
 
 		 131 aa  100  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0094315  hitchhiker  0.00000000352658 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  53.91 
 
 		 128 aa  100  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  53.91 
 
 		 128 aa  100  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  65.04 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  53.33 
 
 		 125 aa  100  8e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1017  50S ribosomal protein L7/L12  54.2 
 
 		 131 aa  100  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00221809 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  64.46 
 
 		 126 aa  100  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2178  50S ribosomal protein L7/L12  53.17 
 
 		 123 aa  100  9e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.900268  normal  0.0233119 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0597  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 		 123 aa  100  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0210666  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2723  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 121 aa  100  9e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2409  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 121 aa  100  9e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267042  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3156  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254156  normal  0.267482 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0390  ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 		 128 aa  99.4  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>