More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1160 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 
208 aa  425  1e-118  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  7.38717e-07  hitchhiker  5.90673e-07 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  62.5 
 
 
207 aa  256  2e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  57.49 
 
 
207 aa  247  1e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  57.21 
 
 
207 aa  226  1e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  49.52 
 
 
209 aa  198  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  49.04 
 
 
205 aa  196  2e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  46.86 
 
 
207 aa  192  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  46.86 
 
 
207 aa  192  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  46.63 
 
 
207 aa  191  9e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.41 
 
 
207 aa  189  3e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.93 
 
 
207 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  45.67 
 
 
207 aa  182  2e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
207 aa  182  3e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  44.71 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  45.19 
 
 
207 aa  182  4e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  42.31 
 
 
206 aa  181  5e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  47.18 
 
 
207 aa  180  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  47.12 
 
 
207 aa  180  1e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  46.04 
 
 
223 aa  178  5e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  45.24 
 
 
208 aa  177  9e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  41.83 
 
 
208 aa  177  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
207 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  41.83 
 
 
206 aa  174  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  43.75 
 
 
204 aa  171  6e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  43.75 
 
 
204 aa  171  7e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  43.48 
 
 
207 aa  170  1e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  45.03 
 
 
209 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  40.87 
 
 
206 aa  168  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  46.88 
 
 
217 aa  169  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.79 
 
 
207 aa  168  5e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  40.91 
 
 
221 aa  167  8e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  46.67 
 
 
221 aa  166  3e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  42.31 
 
 
206 aa  165  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  45.16 
 
 
222 aa  165  4e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
218 aa  165  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  44 
 
 
216 aa  164  8e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  42.31 
 
 
207 aa  164  1e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  45.95 
 
 
216 aa  163  1e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  46.43 
 
 
247 aa  163  1e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  43.65 
 
 
219 aa  162  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  45.92 
 
 
219 aa  162  4e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  45.92 
 
 
219 aa  162  4e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  45.92 
 
 
219 aa  162  4e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 
208 aa  162  4e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  39.05 
 
 
208 aa  161  5e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  40.57 
 
 
212 aa  162  5e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  45.69 
 
 
223 aa  161  5e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 
216 aa  162  5e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  42.31 
 
 
206 aa  161  8e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0490  50S ribosomal protein L4  43.14 
 
 
200 aa  160  1e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.09229e-10  normal  0.0102301 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  36.94 
 
 
223 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  43 
 
 
207 aa  159  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  51.22 
 
 
220 aa  159  4e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  46.41 
 
 
234 aa  158  5e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0427  50S ribosomal protein L4  43.84 
 
 
200 aa  158  5e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.54423e-10  decreased coverage  6.14317e-06 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 
215 aa  158  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  45.36 
 
 
222 aa  158  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  43.06 
 
 
207 aa  158  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  43.6 
 
 
217 aa  158  7e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  47.15 
 
 
228 aa  157  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  40.87 
 
 
214 aa  157  9e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  38.5 
 
 
214 aa  157  9e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0485  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 
200 aa  156  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  2.38586e-06  normal  0.0299035 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 
218 aa  156  2e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  37.73 
 
 
221 aa  155  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  40.72 
 
 
208 aa  155  3e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  6.04234e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  43.75 
 
 
234 aa  155  5e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  41.35 
 
 
207 aa  155  5e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  42.62 
 
 
292 aa  155  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  45.05 
 
 
232 aa  155  6e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.94 
 
 
207 aa  154  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  41.62 
 
 
248 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  37.2 
 
 
208 aa  153  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  45.86 
 
 
228 aa  153  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  44.28 
 
 
221 aa  152  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  43.78 
 
 
211 aa  152  5e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  47.43 
 
 
245 aa  151  6e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  44.32 
 
 
223 aa  151  7e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001741  LSU ribosomal protein L4p (L1e)  43.68 
 
 
200 aa  150  9e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.16803e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0422  50S ribosomal protein L4  46.06 
 
 
202 aa  150  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00655238  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  41.41 
 
 
221 aa  150  1e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0159  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
201 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.07057e-05  decreased coverage  4.48668e-05 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  39.13 
 
 
210 aa  149  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  43.01 
 
 
223 aa  149  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 
209 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  6.71055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2323  ribosomal protein L4/L1e  40.4 
 
 
206 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0012561  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4055  50S ribosomal protein L4  41.88 
 
 
201 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.89198e-07  unclonable  6.65609e-12 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3758  50S ribosomal protein L4  41.88 
 
 
201 aa  149  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  8.15073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0171  50S ribosomal protein L4  41.88 
 
 
201 aa  149  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.51e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0872  50S ribosomal protein L4  42.27 
 
 
201 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.299152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0201  50S ribosomal protein L4  41.88 
 
 
201 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.83773e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>