More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1146 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1146  ribosomal protein L6  100 
 
 
178 aa  355  2e-97  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  1.04709e-06  hitchhiker  0.00466337 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2163  ribosomal protein L6  68.54 
 
 
179 aa  246  2e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0225942  normal  0.802348 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09850  LSU ribosomal protein L6P  66.29 
 
 
180 aa  243  1e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.012035  hitchhiker  1.69605e-05 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  62.92 
 
 
181 aa  231  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  1.13192e-06 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  57.87 
 
 
178 aa  208  3e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  2.82439e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1355  ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  6e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1138  ribosomal protein L6  56.18 
 
 
178 aa  206  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.891595  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  54.86 
 
 
177 aa  201  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  59.55 
 
 
178 aa  200  8e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2445  50S ribosomal protein L6  60.23 
 
 
183 aa  199  1e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.789382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  199  2e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1816  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  199  2e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.997854  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0642  ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  198  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0688878  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  55.43 
 
 
176 aa  198  4e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.86968e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0703  ribosomal protein L6  55.31 
 
 
179 aa  197  5e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04130  LSU ribosomal protein L6P  55.31 
 
 
179 aa  197  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  57.14 
 
 
177 aa  197  7e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2318  ribosomal protein L6  57.39 
 
 
179 aa  196  1e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000220779  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3402  ribosomal protein L6  56.98 
 
 
179 aa  196  1e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.587157  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  55.43 
 
 
177 aa  196  2e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20720  LSU ribosomal protein L6P  54.75 
 
 
179 aa  196  2e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2673  50S ribosomal protein L6  54.49 
 
 
178 aa  195  2e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  55.43 
 
 
177 aa  195  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10733  50S ribosomal protein L6  53.63 
 
 
179 aa  195  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0858871  normal  0.777005 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
178 aa  195  4e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  53.71 
 
 
177 aa  194  4e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.87746e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2961  50S ribosomal protein L6  55.06 
 
 
178 aa  194  4e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0239512  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4300  50S ribosomal protein L6  55.31 
 
 
180 aa  194  5e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.118959  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2140  50S ribosomal protein L6P  53.67 
 
 
177 aa  194  5e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.105025  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01320  ribosomal protein L6  56.42 
 
 
179 aa  194  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.299584  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0321  50S ribosomal protein L6P  54.19 
 
 
179 aa  194  6e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365002 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3890  50S ribosomal protein L6  57.22 
 
 
179 aa  194  7e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  193  8e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  54.86 
 
 
176 aa  193  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.5349e-08  unclonable  6.36307e-11 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2262  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  193  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00376277  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
179 aa  192  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.76648e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2303  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  193  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0125142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
179 aa  192  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0705  50S ribosomal protein L6  55.56 
 
 
182 aa  192  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  2.89089e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1337  50S ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  192  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  5.14634e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  192  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  8.34141e-08 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1200  50S ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  192  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.046217 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3908  50S ribosomal protein L6  55.31 
 
 
180 aa  192  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.383455  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  192  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  1.34886e-05  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0609  50S ribosomal protein L6P  52.81 
 
 
178 aa  191  4e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00338994  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16641  50S ribosomal protein L6  54.49 
 
 
179 aa  191  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  56.82 
 
 
177 aa  191  5e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl138  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
180 aa  191  5e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  191  5e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.31714e-08  unclonable  8.04298e-06 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  53.14 
 
 
177 aa  191  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0602  ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  191  5e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.273648  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  54.86 
 
 
176 aa  191  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  9.08127e-09 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3717  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
179 aa  191  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6034  50S ribosomal protein L6  51.12 
 
 
178 aa  191  7e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.00192e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.0053e-07  hitchhiker  1.58568e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.05939e-05  unclonable  3.07302e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.16546e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  1.52518e-11 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  53.11 
 
 
179 aa  190  1e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2050  ribosomal protein L6  56.18 
 
 
178 aa  190  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00433386  normal  0.0184636 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
176 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.11848e-05  decreased coverage  5.38106e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  52 
 
 
177 aa  189  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
177 aa  189  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
177 aa  190  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.22994e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1047  50S ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  189  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000313329  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1059  50S ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  189  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  5.26273e-07  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  52 
 
 
177 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.40948e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23171  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
179 aa  189  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1030  50S ribosomal protein L6  53.07 
 
 
179 aa  189  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  3.75476e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  51.69 
 
 
178 aa  189  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17020  LSU ribosomal protein L6P  53.93 
 
 
177 aa  188  3e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  3.13624e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0597  50S ribosomal protein L6  52.81 
 
 
178 aa  189  3e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  56 
 
 
177 aa  188  3e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  53.71 
 
 
177 aa  188  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2384  50S ribosomal protein L6  56.42 
 
 
179 aa  187  5e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2699  50S ribosomal protein L6  56.42 
 
 
179 aa  187  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27601  Plastid ribosomal protein L6 large ribosomal subunit  51.41 
 
 
213 aa  187  5e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.935341  normal  0.110543 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3980  ribosomal protein L6  54.86 
 
 
177 aa  187  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1892  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
178 aa  187  5e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0452279  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  53.63 
 
 
179 aa  187  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3652  50S ribosomal protein L6  56.98 
 
 
180 aa  187  6e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000101089  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  53.37 
 
 
178 aa  187  7e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2644  ribosomal protein L6  51.96 
 
 
179 aa  187  8e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0301  ribosomal protein L6  52.25 
 
 
180 aa  187  9e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.79167e-09  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5032  50S ribosomal protein L6  52.51 
 
 
179 aa  186  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  3.33726e-06  normal  0.564685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  53.14 
 
 
177 aa  186  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1969  50S ribosomal protein L6  55.06 
 
 
179 aa  186  2e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0137  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
179 aa  185  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.83996e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0119  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
179 aa  185  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  2.65093e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0125  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
179 aa  185  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  3.15024e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0146  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
179 aa  185  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  9.64591e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>