273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1143 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  100 
 
 
61 aa  123  7e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  62.71 
 
 
64 aa  68.2  4e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  5.65029e-06 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  60.34 
 
 
63 aa  67  8e-11  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  78.57 
 
 
59 aa  65.1  3e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0093e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2921  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
59 aa  63.5  1e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.49762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  55 
 
 
62 aa  62  2e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
62 aa  60.8  6e-09  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
62 aa  60.8  6e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
78 aa  59.3  2e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  56.9 
 
 
61 aa  58.9  2e-08  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  58.9  2e-08  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  52 
 
 
75 aa  58.5  3e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  6.50866e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  57.78 
 
 
62 aa  58.5  3e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1849  50S ribosomal protein L30  63.83 
 
 
62 aa  58.9  3e-08  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.935152 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  53.33 
 
 
60 aa  58.2  4e-08  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  51.67 
 
 
62 aa  57.8  4e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
61 aa  58.2  4e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  4.49635e-09  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
61 aa  57.8  5e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  57.8  5e-08  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.814e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.11905e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.37518e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.62232e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0785  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
61 aa  57.4  7e-08  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00447996  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  51.67 
 
 
60 aa  57  8e-08  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.19229e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  57  8e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  3.2367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  56.6  1e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  56.2  1e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38401e-09  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3006  50S ribosomal protein L30  47.06 
 
 
65 aa  57  1e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.319275  hitchhiker  0.00803225 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1358  ribosomal protein L30  53.33 
 
 
61 aa  55.8  2e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  53.45 
 
 
63 aa  56.2  2e-07  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  1.67701e-05 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  49.12 
 
 
60 aa  56.2  2e-07  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1725  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
61 aa  55.8  2e-07  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  6.57277e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  47.54 
 
 
63 aa  55.1  3e-07  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  52.08 
 
 
60 aa  54.7  4e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  54.7  4e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1165  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  54.7  4e-07  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0238575  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  54.3  5e-07  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0772  ribosomal protein L30  56.14 
 
 
61 aa  54.3  5e-07  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2696  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
57 aa  53.9  6e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  45.61 
 
 
60 aa  53.9  6e-07  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
61 aa  54.3  6e-07  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  48.33 
 
 
60 aa  54.3  6e-07  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0269  ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  54.3  6e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2381  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
57 aa  53.9  6e-07  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  53.9  7e-07  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
59 aa  53.9  8e-07  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 
60 aa  53.5  9e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2516  50S ribosomal protein L30  50.82 
 
 
62 aa  52.8  1e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1733  50S ribosomal protein L30  50.82 
 
 
62 aa  52.8  1e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134869  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0379  50S ribosomal protein L30  50.82 
 
 
62 aa  52.8  1e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  53.45 
 
 
66 aa  52.8  1e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  47.37 
 
 
61 aa  52.8  1e-06  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  48.33 
 
 
59 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1556  ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000500993  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
59 aa  52.8  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
59 aa  52.8  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  59.52 
 
 
59 aa  52.8  2e-06  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  52.4  2e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.66459e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  61.36 
 
 
61 aa  52.8  2e-06  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0243  ribosomal protein L30  50 
 
 
51 aa  52  2e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2211  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
61 aa  52  3e-06  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  2.89447e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  45.61 
 
 
59 aa  51.6  3e-06  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  56.25 
 
 
60 aa  52  3e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.01439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  52.08 
 
 
60 aa  52  3e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  45.61 
 
 
60 aa  51.6  4e-06  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1747  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
56 aa  51.2  4e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.652105  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  58.14 
 
 
61 aa  51.2  4e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
65 aa  51.6  4e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  45 
 
 
59 aa  51.2  4e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  43.33 
 
 
61 aa  51.2  5e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1310  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
67 aa  51.2  5e-06  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  9.88415e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1376  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
67 aa  51.2  5e-06  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0327114  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 
60 aa  51.2  5e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  51.2  5e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>