148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0915 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0915  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
243 aa  498  1e-140  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.583996 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 
102 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  33.6 
 
 
828 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  28 
 
 
113 aa  55.8  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
1385 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  29.55 
 
 
117 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2555  anti-sigma-factor antagonist  26.42 
 
 
249 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1746  anti-sigma-factor antagonist  30.11 
 
 
114 aa  53.9  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2977  anti-sigma regulatory factor (Ser/Thr protein kinase  33.67 
 
 
141 aa  53.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  29.55 
 
 
115 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  26.6 
 
 
113 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.04 
 
 
537 aa  53.1  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5361  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.92 
 
 
265 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  30.49 
 
 
116 aa  52.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0221  anti-sigma-factor antagonist  25.74 
 
 
116 aa  52.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  29.89 
 
 
118 aa  52.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
1361 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3290  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.76 
 
 
160 aa  52.4  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.018648  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6480  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.54 
 
 
134 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.903724  normal  0.217215 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  27.27 
 
 
113 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  27.59 
 
 
117 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  26.97 
 
 
122 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  27.66 
 
 
113 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
1390 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
1390 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
1390 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0030  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.58 
 
 
144 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.786698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0494  putative anti-anti-sigma regulatory factor  23.53 
 
 
116 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  28.28 
 
 
111 aa  50.8  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0062  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  26.37 
 
 
116 aa  50.1  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0726506 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  28.74 
 
 
110 aa  50.1  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0613  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  31.87 
 
 
110 aa  50.1  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2330  anti-sigma-factor antagonist  20.87 
 
 
124 aa  49.7  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1875  anti-sigma regulatory factor  29.9 
 
 
139 aa  49.7  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000201046  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  28.57 
 
 
112 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1228  putative anti-sigma regulatory factor (serine/threonine protein kinase)  33.71 
 
 
144 aa  48.9  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.011235 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2064  anti-sigma-factor antagonist  29.55 
 
 
112 aa  48.9  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0033219  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1827  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
111 aa  48.9  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0628  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 
117 aa  48.9  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1558  anti-sigma F factor  30.83 
 
 
143 aa  48.9  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5095  anti-sigma-factor antagonist  32.08 
 
 
128 aa  48.5  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4212  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  28.93 
 
 
144 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.797188  normal  0.229717 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0731  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.77 
 
 
139 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.993652  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3929  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 
176 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0862817  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  28.57 
 
 
111 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2283  anti-sigma-factor antagonist  30.56 
 
 
93 aa  47.4  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.389876  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  31.75 
 
 
117 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02233  hypothetical protein  31.46 
 
 
106 aa  47.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3034  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  28.93 
 
 
155 aa  47.4  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000275353 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  28.57 
 
 
120 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2083  anti-anti-sigma factor  27.59 
 
 
183 aa  47  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118848  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0372  anti-sigma-factor antagonist  23.47 
 
 
116 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0720  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  25.35 
 
 
110 aa  47  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2974  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  27.5 
 
 
151 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2773  anti-sigma-factor antagonist  24.53 
 
 
116 aa  47  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.165938  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2065  anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
146 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1584  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33 
 
 
141 aa  46.6  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 
110 aa  46.2  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2650  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33 
 
 
141 aa  46.6  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3440  anti-sigma-factor antagonist  28.05 
 
 
115 aa  46.6  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  29.33 
 
 
116 aa  45.8  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4415  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  34.29 
 
 
175 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00721125  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.3 
 
 
321 aa  46.2  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1826  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.23 
 
 
147 aa  46.2  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2143  anti-sigma-factor antagonist  25.93 
 
 
170 aa  46.2  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00880865  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4413  anti-sigma-factor antagonist  32.69 
 
 
111 aa  45.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0118  anti-sigma-factor antagonist  24.73 
 
 
111 aa  45.8  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1104  anti-sigma F factor  31.01 
 
 
148 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.860331  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  30.49 
 
 
110 aa  45.8  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1719  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  32.26 
 
 
114 aa  45.4  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.131448  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  26.87 
 
 
113 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  26.87 
 
 
113 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2467  anti-sigma-factor antagonist  22.22 
 
 
118 aa  45.8  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  26.87 
 
 
113 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1225  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.28 
 
 
148 aa  45.4  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00856956  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0312  hypothetical protein, putative anti-sigma factor antagonist  23.91 
 
 
105 aa  45.8  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1392  anti-sigma-factor antagonist  28.41 
 
 
114 aa  45.4  0.0008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0962748  normal  0.699009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  27.71 
 
 
113 aa  45.4  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1624  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.66 
 
 
154 aa  45.4  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  29.85 
 
 
120 aa  45.4  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  29.27 
 
 
117 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2317  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33 
 
 
155 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.128595  normal  0.13523 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5547  anti-sigma-factor antagonist  23.4 
 
 
123 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483567  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0614  anti-sigma F factor  33.9 
 
 
148 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0283  anti-sigma-factor antagonist  32.31 
 
 
109 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1103  anti-sigma-factor antagonist  32.86 
 
 
112 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1749  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.68 
 
 
147 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2468  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.68 
 
 
147 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0214018  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0199  anti-sigma-factor antagonist  28.92 
 
 
110 aa  44.7  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4032  anti-anti-sigma factor  32.69 
 
 
151 aa  44.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.175492  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2043  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30 
 
 
141 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000388253  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  28.75 
 
 
110 aa  43.9  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  25.88 
 
 
121 aa  44.3  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  23.33 
 
 
250 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2252  anti-sigma-factor antagonist  21.05 
 
 
116 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0252  anti-sigma-factor antagonist  27.47 
 
 
114 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00491893 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2065  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.03 
 
 
143 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3337  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.32 
 
 
158 aa  43.9  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0701  anti-sigma-factor antagonist  30 
 
 
116 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5092  anti-sigma-factor antagonist  28.26 
 
 
108 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.511097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>