150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0806 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0806  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  100 
 
 
414 aa  862    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.305799  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07780  thiazole biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  55.91 
 
 
410 aa  461  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.680526 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11930  thiazole biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  59.03 
 
 
420 aa  453  1.0000000000000001e-126  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000175625  normal  0.0434054 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1658  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  56.97 
 
 
405 aa  437  1e-121  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.151293  hitchhiker  0.00140445 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  40.37 
 
 
380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0198  thiamine biosynthesis protein ThiI  39.11 
 
 
390 aa  255  9e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1327  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  38.66 
 
 
398 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0906618  normal  0.041643 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1683  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  35.64 
 
 
392 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2351  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.38 
 
 
413 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  37.05 
 
 
414 aa  249  4e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0001724  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1546  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  35.48 
 
 
392 aa  248  1e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  40 
 
 
398 aa  247  3e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0763  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.84 
 
 
389 aa  247  3e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00421556  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1063  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.63 
 
 
392 aa  245  8e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1279  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.95 
 
 
407 aa  244  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0186014  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1038  thiamine biosynthesis protein ThiI  36.88 
 
 
422 aa  242  7e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.16797  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  38.27 
 
 
400 aa  241  1e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0451  thiamine biosynthesis protein ThiI  39.07 
 
 
407 aa  239  4e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2718  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.22 
 
 
401 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4478  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.6 
 
 
403 aa  238  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  40 
 
 
385 aa  238  2e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000091055  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2758  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.9 
 
 
400 aa  236  7e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0785401  normal  0.423621 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4784  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.23 
 
 
404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4545  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.23 
 
 
404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4899  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.23 
 
 
403 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4765  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.23 
 
 
404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0721  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.7 
 
 
402 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4381  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.95 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4782  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.95 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0479  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.05 
 
 
404 aa  233  3e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000040209 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1771  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.55 
 
 
407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1806  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.55 
 
 
407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4391  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.95 
 
 
404 aa  233  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2301  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  38.48 
 
 
391 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4756  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.31 
 
 
404 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22060  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.28 
 
 
396 aa  232  9e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.733648  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3122  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  36.39 
 
 
429 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0130  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.13 
 
 
389 aa  229  8e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00491755  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3319  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.68 
 
 
403 aa  227  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1372  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.92 
 
 
404 aa  226  5.0000000000000005e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000114319  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1223  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.01 
 
 
405 aa  222  9e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000164675  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0731  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.64 
 
 
388 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000207137  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1272  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.14 
 
 
392 aa  210  5e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000028573  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1330  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.14 
 
 
392 aa  210  5e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000522414  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1402  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.48 
 
 
385 aa  208  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1666  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.23 
 
 
385 aa  206  7e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.357019  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0503  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.01 
 
 
406 aa  205  1e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000116963  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2546  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.36 
 
 
401 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.661322  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0463  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.97 
 
 
392 aa  196  9e-49  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl584  thiamin biosynthesis protein  29.27 
 
 
400 aa  194  2e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.662181  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0796  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.64 
 
 
406 aa  191  2e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf098  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.66 
 
 
381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000238711  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1110  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.94 
 
 
376 aa  190  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.142781  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26980  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.27 
 
 
393 aa  189  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.121036  normal  0.93751 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0925  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.51 
 
 
387 aa  188  2e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000171827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0010  thiazole biosynthesis protein  33.76 
 
 
436 aa  184  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0479704  normal  0.171831 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2568  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.86 
 
 
387 aa  182  1e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0819  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.19 
 
 
394 aa  181  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1319  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.25 
 
 
383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0320  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.84 
 
 
484 aa  177  3e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0599  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.79 
 
 
383 aa  177  4e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.27457  normal  0.481972 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0972  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.58 
 
 
472 aa  176  7e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.493614 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0224  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.71 
 
 
383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2184  thiamine biosynthesis protein  33.97 
 
 
369 aa  173  5e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.72421  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  30.75 
 
 
387 aa  168  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1035  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.93 
 
 
422 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.533687  normal  0.416754 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0239  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.59 
 
 
395 aa  164  3e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0302483  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1308  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.41 
 
 
371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0664  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.37 
 
 
385 aa  162  1e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  35.87 
 
 
370 aa  161  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.389674 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1882  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.79 
 
 
474 aa  159  7e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.379133  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  41.87 
 
 
212 aa  159  9e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3460  Thiamine biosynthesis protein-like protein  30.73 
 
 
392 aa  153  4e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.883021  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0014  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.9 
 
 
416 aa  153  5.9999999999999996e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.735237  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1613  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  39.45 
 
 
392 aa  153  7e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.166004  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0596  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.9 
 
 
500 aa  149  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.461448  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1206  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.15 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00578978  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0892  thiamine biosynthesis protein  31.4 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.122669  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1671  thiamine biosynthesis protein  32.57 
 
 
392 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0367  hypothetical protein  32.38 
 
 
404 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  40.57 
 
 
213 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1380  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.91 
 
 
493 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.698571 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1042  thiamine biosynthesis protein ThiI  41.59 
 
 
473 aa  143  6e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000396769 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2806  thiamine biosynthesis protein  36.59 
 
 
502 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1312  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.08 
 
 
475 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00281014  normal  0.313151 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0902  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.82 
 
 
484 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2785  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.02 
 
 
484 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22936  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2307  thiamine biosynthesis protein  31.94 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0561858  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2766  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.97 
 
 
485 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0512  thiamine biosynthesis protein  31.39 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1320  thiamine biosynthesis protein  33.01 
 
 
309 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.2 
 
 
484 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1033  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.32 
 
 
482 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2986  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.93 
 
 
484 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.704653  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3473  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.68 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256811  hitchhiker  0.000477485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1094  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.46 
 
 
484 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3324  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.32 
 
 
484 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.146842  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3108  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.36 
 
 
483 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3070  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.36 
 
 
483 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3250  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.36 
 
 
483 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>