More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0723 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  100 
 
 		 279 aa  565  1e-160  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  57.45 
 
 		 282 aa  307  2.0000000000000002e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.92 
 
 		 249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  49.42 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 247 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 251 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 271 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 258 aa  208  8e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 273 aa  207  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 236 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 274 aa  206  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.31 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 239 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 239 aa  198  9e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 243 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.97 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 238 aa  192  7e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 426 aa  191  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  42 
 
 		 243 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 236 aa  188  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 280 aa  186  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  45.21 
 
 		 680 aa  186  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 329 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  41.31 
 
 		 245 aa  183  3e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 249 aa  183  3e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  43.36 
 
 		 621 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 250 aa  181  9.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  42.4 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  41.09 
 
 		 247 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.09 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  41.09 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 242 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  41.09 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.31 
 
 		 250 aa  178  7e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  40.38 
 
 		 375 aa  178  9e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  40.7 
 
 		 329 aa  177  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  44.66 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.09 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.23 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  39.84 
 
 		 694 aa  176  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  40.59 
 
 		 268 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  42.25 
 
 		 254 aa  176  5e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  39.44 
 
 		 239 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 259 aa  175  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 556 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 247 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 247 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 247 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 567 aa  171  9e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 247 aa  171  9e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 624 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 555 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 354 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 240 aa  169  4e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 269 aa  169  7e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 254 aa  168  8e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  39.53 
 
 		 403 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  42.58 
 
 		 249 aa  168  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  40.47 
 
 		 256 aa  168  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  40.47 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.11 
 
 		 237 aa  166  2.9999999999999998e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 255 aa  166  5e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 239 aa  164  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  42.97 
 
 		 246 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.06 
 
 		 406 aa  163  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  41.47 
 
 		 319 aa  162  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  35.91 
 
 		 248 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 243 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>