More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0702 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0702  SMF family protein  100 
 
 		 291 aa  590  1e-168  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000212454  unclonable  0.0000000268506 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  40.47 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10410  DNA protecting protein DprA  38.69 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000307116  unclonable  0.00000000139433 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1408  DNA protecting protein DprA  37.58 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  35.45 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  35.07 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  43 
 
 		 365 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1572  DNA protecting protein DprA  35.71 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  35.14 
 
 		 389 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20450  predicted Rossmann fold nucleotide-binding protein involved in DNA uptake  38.7 
 
 		 231 aa  150  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.549529  normal  0.263835 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  37.59 
 
 		 366 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  32.14 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  30.88 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  35.11 
 
 		 372 aa  145  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  33.22 
 
 		 373 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  32.76 
 
 		 373 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  32.62 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  34.84 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  34.48 
 
 		 370 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  32.88 
 
 		 406 aa  143  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  37.32 
 
 		 379 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  36.76 
 
 		 366 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  34.6 
 
 		 365 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  34.6 
 
 		 365 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  34.31 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  35.64 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  35.64 
 
 		 434 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  34.49 
 
 		 372 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  41.24 
 
 		 359 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  41.71 
 
 		 356 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  35.96 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  40.98 
 
 		 394 aa  139  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  35.96 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  35.96 
 
 		 396 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  35.96 
 
 		 396 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1348  DNA protecting protein DprA  36.04 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0122196  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  41.24 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  35.29 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  36.17 
 
 		 364 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  30.99 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  41.54 
 
 		 358 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  39.25 
 
 		 422 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  36.33 
 
 		 358 aa  135  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  38.35 
 
 		 421 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  40.7 
 
 		 389 aa  135  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  36.26 
 
 		 365 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  34.7 
 
 		 368 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0180  DNA protecting protein DprA  40.2 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  35.03 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  42.56 
 
 		 362 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  33.45 
 
 		 361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  35.74 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  34.78 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  37.32 
 
 		 366 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  38.69 
 
 		 433 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  34.14 
 
 		 375 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  30.8 
 
 		 360 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  32.52 
 
 		 364 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  41.15 
 
 		 359 aa  132  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  38.69 
 
 		 364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 371 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2083  transcriptional regulator TrmB  33.33 
 
 		 337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  35.74 
 
 		 366 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  30.58 
 
 		 369 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  34.39 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 377 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  40 
 
 		 385 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  39.8 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  34.48 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  38.27 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  34.59 
 
 		 365 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  36.55 
 
 		 395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  34.89 
 
 		 360 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  34.15 
 
 		 360 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40 
 
 		 401 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  30.77 
 
 		 386 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  31.91 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  34.96 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  35.16 
 
 		 394 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  34.58 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  31.18 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  40.51 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  35.92 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  40.51 
 
 		 401 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  31.29 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  38.32 
 
 		 422 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2377  DNA protecting protein DprA  33.98 
 
 		 421 aa  126  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  39.9 
 
 		 399 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  39.22 
 
 		 365 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  39.5 
 
 		 448 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  38.38 
 
 		 475 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  37.24 
 
 		 339 aa  125  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  38.5 
 
 		 422 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1006  DprA/SMF protein, putative DNA processing factor  37.44 
 
 		 280 aa  125  1e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.048542  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  37.88 
 
 		 422 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  35.71 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  38.27 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  36.13 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  37.88 
 
 		 475 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  34.56 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>