263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0694 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_1385  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.93 
 
 
696 aa  652    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.036221  normal  0.597652 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0694  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 
695 aa  1414    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.7209  hitchhiker  0.0000422359 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  48.4 
 
 
694 aa  634  1e-180  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00370  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  46.4 
 
 
694 aa  614  9.999999999999999e-175  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.740961  hitchhiker  0.00000247045 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.75 
 
 
694 aa  469  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.91 
 
 
688 aa  471  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.24 
 
 
690 aa  463  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  39.11 
 
 
695 aa  462  1e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.94 
 
 
688 aa  462  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.77 
 
 
698 aa  463  1e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.8 
 
 
690 aa  457  1e-127  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.31 
 
 
687 aa  457  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.05 
 
 
705 aa  452  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.15 
 
 
689 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.15 
 
 
689 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.15 
 
 
689 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  39.32 
 
 
700 aa  452  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.22 
 
 
693 aa  450  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.43 
 
 
686 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.04 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.9 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.9 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.58 
 
 
692 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.61 
 
 
689 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.61 
 
 
689 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.75 
 
 
689 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  37.61 
 
 
689 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  38.2 
 
 
696 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.61 
 
 
689 aa  442  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.65 
 
 
690 aa  444  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.61 
 
 
689 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.77 
 
 
687 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.34 
 
 
689 aa  442  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.33 
 
 
684 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.7 
 
 
688 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.32 
 
 
687 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.61 
 
 
689 aa  434  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.14 
 
 
689 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.09 
 
 
689 aa  436  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.79 
 
 
688 aa  434  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.33 
 
 
689 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  39.2 
 
 
693 aa  433  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  37.64 
 
 
688 aa  434  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  36.96 
 
 
691 aa  431  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.56 
 
 
686 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.18 
 
 
689 aa  431  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.75 
 
 
693 aa  428  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.75 
 
 
689 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  39.37 
 
 
688 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.35 
 
 
689 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.81 
 
 
687 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.35 
 
 
689 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.49 
 
 
689 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.18 
 
 
684 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.34 
 
 
687 aa  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.66 
 
 
694 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.35 
 
 
689 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.35 
 
 
689 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
694 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.68 
 
 
685 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.71 
 
 
689 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38 
 
 
688 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.26 
 
 
694 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.49 
 
 
688 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.15 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  38.31 
 
 
690 aa  419  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  38.35 
 
 
688 aa  417  9.999999999999999e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.12 
 
 
685 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.56 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.84 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.3 
 
 
688 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.66 
 
 
693 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.59 
 
 
684 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.49 
 
 
688 aa  416  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.03 
 
 
684 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.24 
 
 
688 aa  415  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.06 
 
 
697 aa  414  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.57 
 
 
689 aa  410  1e-113  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.57 
 
 
692 aa  411  1e-113  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.15 
 
 
684 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.86 
 
 
689 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.01 
 
 
697 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.04 
 
 
690 aa  406  1.0000000000000001e-112  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.01 
 
 
689 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 
689 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.19 
 
 
692 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0930  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.38 
 
 
697 aa  404  1e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.4 
 
 
693 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.73 
 
 
684 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 
689 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.65 
 
 
727 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.64 
 
 
693 aa  399  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 
688 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.25 
 
 
688 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2388  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.31 
 
 
711 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.74 
 
 
694 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.52 
 
 
699 aa  396  1e-109  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.39 
 
 
702 aa  398  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2337  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.31 
 
 
711 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0794  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.92 
 
 
716 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934108  normal  0.0595481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>