49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0595 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  100 
 
 
350 aa  718    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0114709  normal  0.325418 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00230  dipeptidase  35.15 
 
 
750 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762022 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00690  putative cell wall binding protein  40.5 
 
 
2495 aa  103  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0550  cell wall binding repeat-containing protein  40.74 
 
 
330 aa  89.4  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.515915  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07880  glucan-binding domain-containing protein  35 
 
 
651 aa  84.7  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352799 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0611  cell wall binding repeat-containing protein  39.69 
 
 
430 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00880  putative cell wall binding protein  36.13 
 
 
478 aa  79.7  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  0.955176 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25520  conserved repeat protein  36.61 
 
 
613 aa  79.7  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11330  putative cell wall binding protein  36.15 
 
 
502 aa  79.7  0.00000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.307599  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00310  CHAP domain-containing protein  37.5 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14530  glucan-binding domain-containing protein  34.85 
 
 
602 aa  78.6  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.259034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14470  putative cell wall binding protein  31.35 
 
 
512 aa  75.9  0.0000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.444931 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0607  cell wall binding repeat-containing protein  37.69 
 
 
454 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14450  glucan-binding domain-containing protein  33.6 
 
 
532 aa  75.1  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.521361  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05950  glucan-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
753 aa  75.1  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000330124  hitchhiker  0.0000000000107499 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0606  cell wall binding repeat-containing protein/zinc carboxypeptidase family protein  32.48 
 
 
550 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.907737  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0605  cell wall binding repeat-containing protein/mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase domain-containing protein  29.65 
 
 
807 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.187255  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06430  M6 family metalloprotease domain-containing protein  33.79 
 
 
811 aa  73.6  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0919314 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0597  surface protein pspA precursor  28.23 
 
 
434 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02590  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24 
 
 
339 aa  73.2  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000561164 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02530  glucan-binding domain-containing protein  32.8 
 
 
377 aa  70.9  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459016  normal  0.0379723 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14460  glucan-binding domain-containing protein  31.49 
 
 
757 aa  68.9  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.706218  normal  0.855897 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06260  glucan-binding domain-containing protein  32.09 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05190  putative cell wall binding protein  47.89 
 
 
440 aa  68.6  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0591  cell wall binding repeat-containing protein/zinc carboxypeptidase family protein  29.68 
 
 
573 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000159659  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08300  glycosyl hydrolase family 25  32.37 
 
 
592 aa  65.5  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.39526 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0592  cell wall binding repeat-containing protein/mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  26.05 
 
 
891 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0288009  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18640  calcineurin-like phosphoesterase  27.6 
 
 
1732 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.993356 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16990  glucan-binding domain-containing protein  26.74 
 
 
342 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0593  cell wall binding repeat-containing protein  28.07 
 
 
552 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000201841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14440  subtilase family protease  28.74 
 
 
817 aa  60.5  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0891  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  24.91 
 
 
762 aa  60.1  0.00000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0223841  normal  0.138276 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09550  putative cell wall binding protein  33.9 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0189396  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0490  cell wall binding repeat-containing protein  31.36 
 
 
1557 aa  57.8  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02470  putative cell wall binding protein  34.04 
 
 
271 aa  57  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15380  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.12 
 
 
268 aa  53.1  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00636935  normal  0.0253427 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0151  S-layer domain ribonuclease  26.38 
 
 
1131 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.965938  hitchhiker  0.000000320353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2196  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  35.61 
 
 
490 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.800961  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0121  S-layer domain-containing ribonuclease  26.38 
 
 
1131 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00104142 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04260  putative cell wall binding protein  27.27 
 
 
465 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.878918  normal  0.401989 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05010  putative cell wall binding protein  42.37 
 
 
203 aa  49.3  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16000  putative cell wall binding protein  30.15 
 
 
316 aa  49.3  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000272933 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11960  putative cell wall binding protein  29.66 
 
 
578 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000480831  normal  0.155715 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1747  YG repeat-containing glycosyl hydrolase family 70 protein  25.6 
 
 
1527 aa  46.6  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0888  cell wall hydrolase/autolysin  27.49 
 
 
890 aa  46.2  0.0009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000852469  normal  0.142876 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0857  glycosyl hydrolase  31.5 
 
 
2821 aa  45.8  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3112  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  35.58 
 
 
496 aa  45.8  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0077  S-layer protein  26.38 
 
 
697 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0803176  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3051  negative regulator of AmpC, AmpD  31.06 
 
 
234 aa  42.7  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>