More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0549 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
342 aa  713    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
944 aa  109  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  36.09 
 
 
1402 aa  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 
956 aa  102  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  33.9 
 
 
1447 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  37.29 
 
 
1442 aa  97.4  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  36.87 
 
 
1365 aa  97.1  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  39.29 
 
 
1397 aa  95.9  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  32.84 
 
 
1367 aa  95.5  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  32.84 
 
 
1367 aa  95.1  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  34.16 
 
 
1362 aa  95.5  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  32.99 
 
 
566 aa  94.7  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  29.65 
 
 
1465 aa  94.4  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 
595 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  33.33 
 
 
204 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  32.43 
 
 
603 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  32.43 
 
 
584 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
204 aa  90.5  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 
605 aa  90.5  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 
927 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
595 aa  89.7  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  34.13 
 
 
204 aa  89.7  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.79 
 
 
1433 aa  89.4  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  31.49 
 
 
235 aa  89.4  9e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 
574 aa  89.4  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
609 aa  89.4  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.71 
 
 
204 aa  89.4  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.09 
 
 
196 aa  88.6  1e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  34.1 
 
 
613 aa  88.6  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  31.71 
 
 
299 aa  89  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.12 
 
 
252 aa  88.6  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.43 
 
 
205 aa  87.8  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.86 
 
 
921 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  31.89 
 
 
590 aa  88.2  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  34.88 
 
 
1449 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.95 
 
 
1407 aa  88.6  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  35.09 
 
 
578 aa  87.8  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  34.88 
 
 
1449 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
719 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.04 
 
 
1390 aa  85.9  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.09 
 
 
570 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.61 
 
 
584 aa  85.1  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.07 
 
 
584 aa  85.1  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  33.33 
 
 
645 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.99 
 
 
578 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.39 
 
 
952 aa  83.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  30.64 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.52 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
203 aa  83.6  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  31.72 
 
 
616 aa  83.6  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.63 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
934 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.12 
 
 
769 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
215 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  31.25 
 
 
1388 aa  82.4  0.000000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.92 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 
715 aa  82  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
315 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  32.32 
 
 
222 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
218 aa  82  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  31.55 
 
 
601 aa  82  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  36.57 
 
 
560 aa  82  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  30.18 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
208 aa  82.4  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  30.18 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 
934 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.8 
 
 
934 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  30.18 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 
934 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 
934 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
921 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.31 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  33.91 
 
 
617 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  35.12 
 
 
601 aa  80.9  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.31 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 
610 aa  80.5  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.16 
 
 
551 aa  80.1  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 
929 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 
706 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.97 
 
 
659 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.88 
 
 
1527 aa  79.7  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.15 
 
 
719 aa  79.7  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.31 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.31 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  32.11 
 
 
630 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  32.11 
 
 
630 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  33.13 
 
 
929 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  30.57 
 
 
204 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>