More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0524 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0524  ribosomal protein L20  100 
 
 		 119 aa  241  3.9999999999999997e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000408752  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15180  LSU ribosomal protein L20P  65.81 
 
 		 117 aa  161  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00260509  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1235  ribosomal protein L20  64.1 
 
 		 117 aa  155  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000439682  normal  0.0943757 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2416  ribosomal protein L20  64.1 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05740  LSU ribosomal protein L20P  62.39 
 
 		 117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000012199  normal  0.0122872 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3023  50S ribosomal protein L20  60.5 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2994  50S ribosomal protein L20  60.5 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170325  normal  0.0515669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2979  50S ribosomal protein L20  60.5 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3326  50S ribosomal protein L20  59.66 
 
 		 129 aa  140  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.588527  normal  0.356317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2383  ribosomal protein L20  60.5 
 
 		 126 aa  140  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.226272  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5471  ribosomal protein L20  57.63 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3069  ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 123 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1318  ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 128 aa  137  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231483  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1105  ribosomal protein L20  58.82 
 
 		 128 aa  137  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0771886  normal  0.917158 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6085  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 127 aa  137  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1877  50S ribosomal protein L20  58.82 
 
 		 130 aa  137  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.348784 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2040  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 		 129 aa  136  8.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0971505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21890  LSU ribosomal protein L20P  56.3 
 
 		 126 aa  136  8.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.509644  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  57.63 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  57.63 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  57.63 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25670  LSU ribosomal protein L20P  57.63 
 
 		 125 aa  136  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.826175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11660  50S ribosomal protein L20  56.3 
 
 		 129 aa  136  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3259  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000143022  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2625  50S ribosomal protein L20  57.89 
 
 		 117 aa  135  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000948958  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2216  ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  134  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000311515  normal  0.131567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14570  LSU ribosomal protein L20P  58.47 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5481  ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 129 aa  134  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  134  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4142  ribosomal protein L20  56.41 
 
 		 135 aa  134  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000151582  hitchhiker  0.000263316 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  57.14 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  0.0000236508 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  134  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000405852  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1884  50S ribosomal protein L20  57.98 
 
 		 130 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0962334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  56.78 
 
 		 119 aa  133  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3054  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 		 121 aa  133  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2058  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 		 117 aa  133  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.524551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2141  ribosomal protein L20  55.93 
 
 		 125 aa  133  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032438  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1414  50S ribosomal protein L20  56.14 
 
 		 117 aa  133  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000403686  normal  0.489901 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3037  ribosomal protein L20  57.02 
 
 		 127 aa  133  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.206291  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  55.93 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4404  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 		 118 aa  133  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000358516  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3180  50S ribosomal protein L20  58.04 
 
 		 126 aa  133  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0268094  normal  0.168846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  56.3 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000359041  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1626  ribosomal protein L20  57.98 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.75849 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0234  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.163315  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1479  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0382376  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2461  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 		 130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4704  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000111354  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4469  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000222511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4304  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.71931e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4315  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000569694  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4697  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4688  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.35886e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4817  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000468944  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4681  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000654651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0556  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000506915  hitchhiker  1.2511e-24 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2305  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 		 117 aa  131  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00881657  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000521277  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000337835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 118 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2327  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000174207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2015  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000132248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1958  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000262165  normal  0.497021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2187  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144083  normal  0.0378081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  57.26 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000387614  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1482  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 153 aa  130  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  56.3 
 
 		 119 aa  130  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000555159  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0347  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 118 aa  130  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 		 119 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000082554  hitchhiker  0.0000796215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 		 119 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1768  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000021709  normal  0.0190948 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2658  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000886061  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  54.31 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1303  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.201739  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2144  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000208623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1856  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000191565  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1993  50S ribosomal protein L20  59.43 
 
 		 117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.708674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1518  50S ribosomal protein L20  54.39 
 
 		 117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0150794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2227  50S ribosomal protein L20  59.43 
 
 		 117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00200707 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2170  ribosomal protein L20  51.28 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00052538  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0046  ribosomal protein L20  57.14 
 
 		 117 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1267  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 120 aa  127  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22410  LSU ribosomal protein L20P  55.56 
 
 		 128 aa  128  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1997  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00229305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2064  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0330135  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2300  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000821818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2431  50S ribosomal protein L20  54.62 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.500057  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2802  50S ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 119 aa  127  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>