More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0476 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  52.2 
 
 		 309 aa  308  6.999999999999999e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  49.31 
 
 		 297 aa  287  2e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  48.47 
 
 		 302 aa  277  2e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  47.75 
 
 		 295 aa  273  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  46.37 
 
 		 296 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.58 
 
 		 299 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  43.6 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 295 aa  251  1e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  43.1 
 
 		 296 aa  248  6e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 304 aa  248  6e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  44.03 
 
 		 304 aa  248  8e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.49 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  43.1 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  45.83 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  246  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  43.19 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 296 aa  245  6e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  42.23 
 
 		 297 aa  245  6.999999999999999e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  45.14 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  44.79 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 295 aa  242  3.9999999999999997e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 295 aa  242  3.9999999999999997e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  44.79 
 
 		 298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  43.3 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  45.14 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  42.27 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  45.17 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  43.9 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.84 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  40.34 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  42.86 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  40.41 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  41.02 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  41.87 
 
 		 291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  39.93 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  41.02 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  42.76 
 
 		 346 aa  233  3e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  44.11 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  42.18 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  42.18 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  43.39 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  39.38 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  39.1 
 
 		 294 aa  230  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  41.38 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 		 362 aa  229  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  41.03 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  42.18 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  44.16 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  40.4 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  43.4 
 
 		 294 aa  225  7e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  40.62 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  42.71 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  40.97 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2258  tyrosine recombinase XerD  44.79 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  41.64 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  42.01 
 
 		 292 aa  221  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  40.07 
 
 		 296 aa  221  9e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  42.16 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  39.12 
 
 		 319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  43.88 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  39.72 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 		 294 aa  218  7.999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  40.42 
 
 		 295 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  42.14 
 
 		 317 aa  218  8.999999999999998e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 		 297 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  40.77 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  42.05 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  41.99 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  40.97 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  40.8 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  41.58 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.38 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  40.39 
 
 		 324 aa  212  5.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.34 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  41.84 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.98 
 
 		 321 aa  211  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  37.46 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  41.91 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  43.14 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  43.06 
 
 		 292 aa  209  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  41.64 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  40.41 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  38.89 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  42.61 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  40.34 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>