More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0411 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  100 
 
 		 531 aa  1093    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  44.84 
 
 		 508 aa  450  1e-125  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  39.56 
 
 		 507 aa  371  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  37.93 
 
 		 482 aa  337  1.9999999999999998e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  38.9 
 
 		 482 aa  330  6e-89  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  41.04 
 
 		 490 aa  323  7e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  40.82 
 
 		 490 aa  320  3e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  36.55 
 
 		 491 aa  320  3.9999999999999996e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  39.68 
 
 		 485 aa  318  2e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  35.77 
 
 		 488 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  38.35 
 
 		 462 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  36.67 
 
 		 493 aa  303  4.0000000000000003e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  35.71 
 
 		 454 aa  301  3e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  36.34 
 
 		 484 aa  298  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  36.74 
 
 		 483 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  36.78 
 
 		 478 aa  291  2e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  34.97 
 
 		 490 aa  283  6.000000000000001e-75  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  37.88 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  38.18 
 
 		 456 aa  219  7e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  39.45 
 
 		 429 aa  195  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  35.47 
 
 		 424 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  33.15 
 
 		 449 aa  178  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  33.15 
 
 		 449 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  32.71 
 
 		 667 aa  166  6.9999999999999995e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  29.7 
 
 		 562 aa  150  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  29.76 
 
 		 566 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  30.03 
 
 		 569 aa  146  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  31.81 
 
 		 666 aa  145  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  29.68 
 
 		 572 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  29.33 
 
 		 572 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  31.37 
 
 		 645 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  31.48 
 
 		 580 aa  144  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  31.37 
 
 		 645 aa  143  7e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 		 573 aa  143  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  29.97 
 
 		 571 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  30.54 
 
 		 581 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  28.94 
 
 		 574 aa  140  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.03 
 
 		 748 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  31.96 
 
 		 653 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  30.08 
 
 		 1150 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  30.91 
 
 		 567 aa  133  7.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  31.56 
 
 		 582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  29.41 
 
 		 579 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  29.53 
 
 		 527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  29.92 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  32.7 
 
 		 615 aa  131  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  28.02 
 
 		 556 aa  131  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  28.82 
 
 		 559 aa  130  4.0000000000000003e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  27.68 
 
 		 439 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  28.07 
 
 		 601 aa  130  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  28.29 
 
 		 417 aa  129  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  27.88 
 
 		 594 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  30.19 
 
 		 582 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  29.71 
 
 		 513 aa  127  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  27.03 
 
 		 549 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  25.37 
 
 		 576 aa  125  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  27.89 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  28.5 
 
 		 577 aa  125  3e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  27.51 
 
 		 387 aa  123  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  29.5 
 
 		 520 aa  123  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  28.69 
 
 		 573 aa  123  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  27.64 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  32.03 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  27.93 
 
 		 574 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  27.25 
 
 		 619 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  30.66 
 
 		 666 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  28.47 
 
 		 606 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  30.03 
 
 		 644 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  29.89 
 
 		 582 aa  121  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  27.39 
 
 		 410 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  28.21 
 
 		 767 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  28.69 
 
 		 573 aa  120  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  29.32 
 
 		 421 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  28.96 
 
 		 573 aa  120  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  29.1 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  25.68 
 
 		 574 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.53 
 
 		 752 aa  119  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  27.16 
 
 		 759 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  29.61 
 
 		 582 aa  118  3e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.61 
 
 		 755 aa  118  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  29.27 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  28.15 
 
 		 659 aa  118  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  29.59 
 
 		 577 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  29.57 
 
 		 582 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  26.58 
 
 		 582 aa  117  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.16 
 
 		 759 aa  117  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  31.12 
 
 		 581 aa  117  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  29.3 
 
 		 582 aa  117  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  28.76 
 
 		 569 aa  117  6.9999999999999995e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  30.51 
 
 		 500 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.52 
 
 		 763 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.98 
 
 		 756 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  29.48 
 
 		 696 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  28.46 
 
 		 598 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  30 
 
 		 583 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  28.22 
 
 		 421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  28.16 
 
 		 586 aa  112  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  28.44 
 
 		 584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  28.34 
 
 		 523 aa  111  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  30.48 
 
 		 573 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>