More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0403 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0403  histidyl-tRNA synthetase  100 
 
 
436 aa  898  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  7.68069e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20680  histidyl-tRNA synthetase  57.65 
 
 
464 aa  506  1e-142  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04430  histidyl-tRNA synthetase  57.72 
 
 
440 aa  491  1e-138  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.693263  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0595  histidyl-tRNA synthetase  55.92 
 
 
457 aa  462  1e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.736305 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  43.59 
 
 
419 aa  368  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.75223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0756  histidyl-tRNA synthetase  43.38 
 
 
419 aa  358  8e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000330653  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2357  histidyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 
414 aa  353  4e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2445  histidyl-tRNA synthetase  43.59 
 
 
414 aa  352  7e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.228667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2313  histidyl-tRNA synthetase  43.49 
 
 
415 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.335262 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2038  histidyl-tRNA synthetase  44.01 
 
 
420 aa  348  8e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.292734  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1510  histidyl-tRNA synthetase  43.59 
 
 
426 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.707902  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2280  histidyl-tRNA synthetase  42.13 
 
 
419 aa  343  2e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.01062e-07  unclonable  4.14505e-10 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1677  histidyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
423 aa  338  1e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038851 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0744  histidyl-tRNA synthetase  40.32 
 
 
419 aa  337  3e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.100604  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1472  histidyl-tRNA synthetase  40.79 
 
 
418 aa  335  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.35965e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1332  histidyl-tRNA synthetase  39.68 
 
 
417 aa  333  4e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1166  histidyl-tRNA synthetase  40.92 
 
 
416 aa  332  9e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.33915e-06 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3587  histidyl-tRNA synthetase  40.66 
 
 
424 aa  329  5e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.70234e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 
423 aa  328  1e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.31867e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3303  histidyl-tRNA synthetase  41.61 
 
 
421 aa  328  2e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.375458 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0944  histidyl-tRNA synthetase  41.34 
 
 
426 aa  327  2e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3096  histidyl-tRNA synthetase  40.8 
 
 
416 aa  326  6e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000698115  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1453  histidyl-tRNA synthetase  41.65 
 
 
421 aa  324  2e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0905  histidyl-tRNA synthetase  42.79 
 
 
420 aa  323  4e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1913  histidyl-tRNA synthetase  40.19 
 
 
413 aa  322  7e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.282682  hitchhiker  0.000195117 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1193  histidyl-tRNA synthetase  38.85 
 
 
424 aa  322  1e-86  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000346938  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1659  histidyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 
413 aa  320  3e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302823  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  40.37 
 
 
420 aa  318  8e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1726  histidyl-tRNA synthetase  40.94 
 
 
420 aa  318  1e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1291  histidyl-tRNA synthetase  38.89 
 
 
421 aa  317  2e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0371866  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1381  histidyl-tRNA synthetase  41.01 
 
 
414 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.158923  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0552  histidyl-tRNA synthetase  39.86 
 
 
417 aa  317  2e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1887  histidyl-tRNA synthetase  39.52 
 
 
415 aa  317  3e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0811  histidine--tRNA ligase  41.16 
 
 
422 aa  317  3e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.76292e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0006  histidyl-tRNA synthetase  38.99 
 
 
418 aa  316  4e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.14648  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1804  histidyl-tRNA synthetase  39.77 
 
 
421 aa  315  8e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000951278  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2838  histidyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
417 aa  314  2e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 
423 aa  313  3e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1619  histidyl-tRNA synthetase  40.97 
 
 
436 aa  313  3e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4536  histidyl-tRNA synthetase  38.94 
 
 
423 aa  311  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000118978  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4486  histidyl-tRNA synthetase  38.94 
 
 
423 aa  311  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.451544  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0592  histidyl-tRNA synthetase  37.59 
 
 
421 aa  311  2e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  5.56243e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0713  histidyl-tRNA synthetase  38.14 
 
 
423 aa  310  3e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00404453  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4523  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  310  4e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.845471  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4146  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  309  6e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0483726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4633  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  309  6e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4136  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  309  6e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4298  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  309  6e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.408041  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0564  histidyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 
406 aa  308  8e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4483  histidyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
423 aa  309  8e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6071e-17 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1060  histidyl-tRNA synthetase  42.76 
 
 
450 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.110203  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1216  histidyl-tRNA synthetase  42.4 
 
 
432 aa  308  1e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.420305  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1340  histidyl-tRNA synthetase  41.53 
 
 
424 aa  308  1e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0006  histidyl-tRNA synthetase  38.48 
 
 
418 aa  308  2e-82  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4250  histidyl-tRNA synthetase  37.91 
 
 
423 aa  308  2e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  6.11517e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1761  histidyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 
419 aa  307  2e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.210094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1674  histidyl-tRNA synthetase  41.74 
 
 
429 aa  307  3e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3590  histidyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 
400 aa  307  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_6  histidyl-tRNA synthetase  38.67 
 
 
418 aa  306  4e-82  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2890  histidyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 
424 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.112536  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2716  histidyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 
424 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1310  histidyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 
433 aa  305  8e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2779  histidyl-tRNA synthetase  39.08 
 
 
424 aa  305  9e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0011  histidyl-tRNA synthetase  40.42 
 
 
417 aa  305  1e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4600  histidyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 
429 aa  305  1e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1152  histidyl-tRNA synthetase  42.3 
 
 
450 aa  305  1e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.537787 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2673  histidyl-tRNA synthetase  39.08 
 
 
424 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2760  histidyl-tRNA synthetase  39.08 
 
 
424 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.580022 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0902  histidyl-tRNA synthetase, class IIA  39.59 
 
 
423 aa  304  2e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.717157  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3008  histidyl-tRNA synthetase  38.85 
 
 
424 aa  304  2e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1788  histidyl-tRNA synthetase  40.36 
 
 
423 aa  303  3e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1435  histidyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 
429 aa  303  4e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2228  histidyl-tRNA synthetase  38.77 
 
 
430 aa  303  4e-81  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0027  histidyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
417 aa  303  5e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.583474  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0622  histidyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
426 aa  302  8e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0581  histidyl-tRNA synthetase  40.76 
 
 
423 aa  301  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  5.50057e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6102  Histidine--tRNA ligase  41.23 
 
 
421 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.998614 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1205  histidyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 
441 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.105107  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2365  histidyl-tRNA synthetase  40.44 
 
 
420 aa  300  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1136  histidyl-tRNA synthetase  37.41 
 
 
414 aa  300  5e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.850642  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2889  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.731565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2665  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0415954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1163  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878668  normal  0.0105907 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02406  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.820666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3738  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2666  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.557016  normal  0.28458 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1154  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.708603  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02368  hypothetical protein  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.965235  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2798  histidyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 
424 aa  299  8e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0241493  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2054  histidyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
418 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2364  histidyl-tRNA synthetase  39.49 
 
 
424 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00827358  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3389  histidyl-tRNA synthetase  41.24 
 
 
431 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14890  histidyl-tRNA synthetase  41.19 
 
 
429 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1041  histidyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 
419 aa  297  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.86548e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1259  histidyl-tRNA synthetase  38.72 
 
 
424 aa  297  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2037  histidyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 
426 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1249  histidyl-tRNA synthetase  40.84 
 
 
429 aa  297  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0462121  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3013  histidyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 
424 aa  297  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0385  histidyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 
410 aa  297  3e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94086e-09 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3499  histidyl-tRNA synthetase  42.14 
 
 
428 aa  296  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>