More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0312 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0312  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 206 aa  427  1e-119  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000380117  normal  0.28635 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1953  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.957288  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03670  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00912022  hitchhiker  0.0085588 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0337  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1939  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.640559  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25680  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00750  transcriptional regulator  56.86 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.935342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23110  transcriptional regulator  27.42 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0312  transcriptional regulator, TetR family  51.61 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.041978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4031  transcriptional regulator, TetR family  52.63 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4628  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000955982  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  25 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  44.44 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0339  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27950  transcriptional regulator  23.89 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00827834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1489  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2316  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166278  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1606  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.912424  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.55 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  46.55 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  45.76 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3008  transcriptional regulator, TetR family  24.1 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.94 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.94 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.94 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.67 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3241  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  35.58 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 220 aa  53.9  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  40.3 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  53.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 238 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1601  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 215 aa  52.8  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  41.18 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  41.79 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0175  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 232 aa  53.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000233696  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 183 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>