52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0284 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0284  2-keto-3-deoxygluconate permease  100 
 
 
331 aa  648  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  1.89316e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0176  2-keto-3-deoxygluconate permease  42.86 
 
 
337 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.145477  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0708  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.89 
 
 
317 aa  183  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.155068  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0768  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.58 
 
 
317 aa  183  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0180  2-keto-3-deoxygluconate permease  42.72 
 
 
337 aa  183  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  1.29613e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0177  2-keto-3-deoxygluconate permease  42.72 
 
 
337 aa  183  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  5.64113e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0193  2-keto-3-deoxygluconate permease  41.9 
 
 
317 aa  182  5e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00793033  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0184  2-keto-3-deoxygluconate permease  41.9 
 
 
317 aa  182  5e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0565535  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0754  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.58 
 
 
317 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0694  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.58 
 
 
317 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0811  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.58 
 
 
317 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3567  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.88 
 
 
324 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  2.41056e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4428  2-keto-3-deoxygluconate permease  38.34 
 
 
346 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5835  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.28 
 
 
332 aa  164  1e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0835449  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0449  2-keto-3-deoxygluconate permease  40.8 
 
 
331 aa  162  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1736  2-keto-3-deoxygluconate permease  37.42 
 
 
342 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0242221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4645  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.28 
 
 
334 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0828937  normal  0.0842003 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0593  2-keto-3-deoxygluconate permease  34.52 
 
 
313 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0749  2-keto-3-deoxygluconate permease  31.01 
 
 
341 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0985  2-keto-3-deoxygluconate permease  31.86 
 
 
341 aa  147  2e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4106  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.08 
 
 
318 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3914  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.08 
 
 
318 aa  142  1e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4329  2-keto-3-deoxygluconate permease  33.94 
 
 
339 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.16914 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5010  2-keto-3-deoxygluconate permease  33.94 
 
 
339 aa  139  9e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5850  2-keto-3-deoxygluconate permease  33.94 
 
 
339 aa  139  9e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6105  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.06 
 
 
326 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.561422  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0314  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.69 
 
 
331 aa  135  1e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.010064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2588  2-keto-3-deoxygluconate permease  37.93 
 
 
327 aa  134  1e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.978377 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3877  2-keto-3-deoxygluconate permease  33.65 
 
 
355 aa  133  4e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2205  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.6 
 
 
341 aa  132  1e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1590  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.26 
 
 
312 aa  131  2e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1740  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.09 
 
 
337 aa  130  5e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2622  2-keto-3-deoxygluconate permease  31.12 
 
 
347 aa  129  9e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.424244  hitchhiker  0.00252922 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2152  2-keto-3-deoxygluconate permease  30.79 
 
 
335 aa  129  1e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1707  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.08 
 
 
335 aa  127  4e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0340212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4443  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.33 
 
 
327 aa  126  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4075  2-keto-3-deoxygluconate transporter  36.01 
 
 
327 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0924  2-keto-3-deoxygluconate permease  30.77 
 
 
332 aa  125  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000214762  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03795  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.01 
 
 
327 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.364325  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4140  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.01 
 
 
327 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4108  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.01 
 
 
327 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.360818  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4302  2-keto-3-deoxygluconate permease  36.01 
 
 
329 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.405227  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03744  hypothetical protein  36.01 
 
 
327 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5364  2-keto-3-deoxygluconate permease  34.66 
 
 
327 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.176642  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5761  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.62 
 
 
338 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03754  2-keto-3-deoxygluconate permease  35.21 
 
 
283 aa  123  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2152  2-keto-3-deoxygluconate permease  34.78 
 
 
319 aa  120  4e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0129  2-keto-3-deoxygluconate permease  31.45 
 
 
323 aa  112  7e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4389  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.81 
 
 
303 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1025  2-keto-3-deoxygluconate permease  29.63 
 
 
336 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1447  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.11 
 
 
340 aa  87  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2025  2-keto-3-deoxygluconate permease  32.11 
 
 
340 aa  87  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.343811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>