More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0197 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  37.24 
 
 
1129 aa  670  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  36.56 
 
 
1141 aa  698  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  37.72 
 
 
1138 aa  698  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  37.91 
 
 
1115 aa  696  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  100 
 
 
1125 aa  2341  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  40.77 
 
 
1113 aa  820  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  5.63993e-06 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  37.8 
 
 
1137 aa  678  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  51.33 
 
 
1115 aa  1169  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  38.18 
 
 
1130 aa  682  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  36.07 
 
 
1233 aa  637  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  36.61 
 
 
1119 aa  681  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  40.65 
 
 
1108 aa  835  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  33.89 
 
 
1133 aa  492  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  33.25 
 
 
1137 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  32.68 
 
 
1137 aa  484  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  33.01 
 
 
1137 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  32.64 
 
 
1137 aa  467  1e-130  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  31.75 
 
 
1131 aa  461  1e-128  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  33.01 
 
 
1126 aa  458  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  32.91 
 
 
954 aa  452  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  30.82 
 
 
1138 aa  432  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  4.76841e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  36.42 
 
 
907 aa  418  1e-115  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.67171e-05 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  33.12 
 
 
932 aa  394  1e-108  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  32.73 
 
 
932 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  32.35 
 
 
936 aa  389  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  31.87 
 
 
933 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  31.85 
 
 
936 aa  379  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  42.25 
 
 
1005 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 
945 aa  348  4e-94  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 
912 aa  323  1e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.38 
 
 
1082 aa  221  4e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  30.38 
 
 
753 aa  216  2e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.98 
 
 
1080 aa  210  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.79 
 
 
1167 aa  199  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.47 
 
 
1068 aa  197  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.95 
 
 
1068 aa  197  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.33 
 
 
1137 aa  194  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  30.09 
 
 
846 aa  192  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  30.24 
 
 
771 aa  187  1e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  26.7 
 
 
1170 aa  184  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.47 
 
 
1174 aa  183  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  28.77 
 
 
899 aa  181  6e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  29.8 
 
 
917 aa  179  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.01 
 
 
1169 aa  179  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  28.14 
 
 
845 aa  175  4e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  30.27 
 
 
921 aa  175  4e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  30.6 
 
 
918 aa  175  5e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  29.52 
 
 
760 aa  174  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  30.89 
 
 
765 aa  174  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  30.51 
 
 
924 aa  173  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  28.69 
 
 
800 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  29.87 
 
 
925 aa  173  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  29.52 
 
 
760 aa  172  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  29.57 
 
 
919 aa  172  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.33 
 
 
1157 aa  171  6e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  30.31 
 
 
907 aa  171  7e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.26 
 
 
1169 aa  170  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  29.3 
 
 
810 aa  168  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.43 
 
 
787 aa  168  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  27.1 
 
 
931 aa  168  6e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  29.69 
 
 
809 aa  168  6e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  29.98 
 
 
803 aa  167  1e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  29.98 
 
 
803 aa  167  1e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.14 
 
 
825 aa  165  4e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  28.99 
 
 
780 aa  165  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.27 
 
 
1126 aa  163  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  29.48 
 
 
790 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.37819e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.11 
 
 
788 aa  163  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  30.69 
 
 
821 aa  164  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.25 
 
 
824 aa  163  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  28.26 
 
 
791 aa  160  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.82 
 
 
793 aa  159  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.24 
 
 
829 aa  159  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  28.33 
 
 
761 aa  158  6e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.03 
 
 
1124 aa  157  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  27.71 
 
 
796 aa  157  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  29.62 
 
 
780 aa  157  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  27.73 
 
 
787 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  27 
 
 
875 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  29.38 
 
 
793 aa  156  3e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.15 
 
 
1188 aa  155  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  28.11 
 
 
776 aa  154  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.64 
 
 
804 aa  154  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  28.12 
 
 
893 aa  154  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  28.26 
 
 
770 aa  153  2e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  1.08762e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 
889 aa  152  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  28.4 
 
 
583 aa  151  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  28.11 
 
 
784 aa  150  1e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  28.43 
 
 
776 aa  150  1e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  28.11 
 
 
784 aa  150  1e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.5 
 
 
802 aa  149  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.89 
 
 
813 aa  147  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.11 
 
 
797 aa  147  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.08 
 
 
934 aa  146  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  28.72 
 
 
811 aa  146  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  27.76 
 
 
783 aa  144  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  29.32 
 
 
790 aa  142  4e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  27.82 
 
 
770 aa  141  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  26.43 
 
 
899 aa  141  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  29.17 
 
 
796 aa  140  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>