88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0148 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0148  putative transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 235 aa  480  1e-135  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07230  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04830  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.764774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 		 219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 205 aa  89.4  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 205 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 205 aa  89  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 211 aa  88.6  8e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 205 aa  87.4  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 205 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 211 aa  85.1  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2118  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000195115  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1709  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1514  AcrR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1364  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4929  putative transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.182818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5332  putative transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.780657 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04120  hypothetical protein  30.36 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.453544  normal  0.455959 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0744  hypothetical protein  21.81 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.202203  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3195  regulatory protein  26.09 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0727  hypothetical protein  20.74 
 
 		 184 aa  62  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2738  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 181 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000104447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4694  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4678  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014554  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4401  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00379703  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2357  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0067585  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0559  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000271654  hitchhiker  2.35635e-17 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0158  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1193  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000366279  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3279  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.649622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2392  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 184 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.255301 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0836  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2667  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0197  hypothetical protein  24.26 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000319067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1897  TetR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2669  hypothetical protein  26.04 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0966  transcriptional regulator  25.43 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2615  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1263  hypothetical protein  24.09 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0421  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06360  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  22.47 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1164  hypothetical protein  25.4 
 
 		 181 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06720  transcriptional regulator, tetR family  28.5 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24500  transcriptional regulator  24.49 
 
 		 202 aa  50.4  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4177  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1210  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 181 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03830  transcriptional regulator, tetR family  28.4 
 
 		 193 aa  49.3  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27720  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.754006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1897  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 192 aa  48.5  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2292  hypothetical protein  26.38 
 
 		 155 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000861673  hitchhiker  1.17922e-24 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1094  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.877312 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1302  putative transcriptional regulator, TetR family  22.07 
 
 		 180 aa  47.8  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.020943  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1970  TetR/AcrR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000170577  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2447  regulatory protein TetR  34.78 
 
 		 207 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212312  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2401  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 207 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.148693  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2135  TetR family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 179 aa  46.2  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000090207  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00570  transcriptional regulator, tetR family  25.14 
 
 		 218 aa  45.8  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 185 aa  45.4  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0215  transcriptional regulator  21.64 
 
 		 191 aa  45.4  0.0008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.532306  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3983  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 200 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0946  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.611956  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00940  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.146478  normal  0.42367 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1710  hypothetical protein  25.42 
 
 		 289 aa  44.3  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24160  hypothetical protein  36.36 
 
 		 194 aa  43.9  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1792  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0015  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4135  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 194 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4521  hypothetical protein  40.58 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0461  TetR family transcriptional regulator  21 
 
 		 219 aa  43.1  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25960  transcriptional regulator, tetR family  32.05 
 
 		 185 aa  42.7  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.852113 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1751  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 182 aa  42.7  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000821157  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1478  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 186 aa  42.4  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1327  transcriptional regulator  20.49 
 
 		 193 aa  42  0.007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.043408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0905  putative transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 183 aa  42  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04420  transcriptional regulator, tetR family  22.78 
 
 		 187 aa  41.6  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197564 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04470  transcriptional regulator, tetR family  25.44 
 
 		 189 aa  41.6  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000324783 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>