More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0106 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
489 aa  999    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.92 
 
 
470 aa  167  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.8 
 
 
455 aa  163  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.09 
 
 
458 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.82 
 
 
471 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2901  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.39 
 
 
371 aa  155  1e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.37 
 
 
473 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.71 
 
 
492 aa  154  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.4 
 
 
470 aa  154  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.21 
 
 
476 aa  153  8e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02150  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
378 aa  148  3e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.36526  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.68 
 
 
472 aa  146  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.54 
 
 
468 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.83 
 
 
476 aa  145  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.24 
 
 
481 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.91 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.38 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.15 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.4 
 
 
469 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  26.15 
 
 
476 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.19 
 
 
456 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.1 
 
 
485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.19 
 
 
469 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  25.92 
 
 
476 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  25.46 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  25.46 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  25.46 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.46 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.4 
 
 
509 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05430  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.67 
 
 
361 aa  138  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.540484  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.64 
 
 
468 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.28 
 
 
456 aa  136  9e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.38 
 
 
476 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.09 
 
 
459 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.54 
 
 
454 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.06 
 
 
450 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.22 
 
 
436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
461 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.88 
 
 
306 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.07 
 
 
464 aa  127  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.04 
 
 
524 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.9 
 
 
457 aa  124  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  27.65 
 
 
471 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.81 
 
 
431 aa  122  9.999999999999999e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  28.7 
 
 
444 aa  121  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  24.2 
 
 
454 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.09 
 
 
455 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.21 
 
 
457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
480 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.95 
 
 
476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  24.41 
 
 
476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  25.12 
 
 
449 aa  113  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.12 
 
 
449 aa  114  6e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 
521 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32 
 
 
241 aa  113  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  26.2 
 
 
682 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.66 
 
 
454 aa  111  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  27.94 
 
 
676 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.29 
 
 
462 aa  110  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.98 
 
 
457 aa  110  8.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.48 
 
 
423 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
336 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  23.66 
 
 
470 aa  108  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.43 
 
 
465 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.63 
 
 
442 aa  107  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  31.34 
 
 
436 aa  107  6e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.86 
 
 
311 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.41 
 
 
445 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0991  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.96 
 
 
539 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0298578 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.43 
 
 
455 aa  105  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  35.29 
 
 
460 aa  105  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  32.46 
 
 
357 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.28 
 
 
486 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
433 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.73 
 
 
446 aa  103  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.35 
 
 
475 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.723741  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.32 
 
 
414 aa  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.27 
 
 
324 aa  101  4e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.71 
 
 
419 aa  100  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.99 
 
 
334 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28 
 
 
464 aa  100  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.06 
 
 
442 aa  100  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.26 
 
 
442 aa  100  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.61 
 
 
325 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
460 aa  99.8  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
451 aa  99.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
460 aa  99.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.36 
 
 
344 aa  99.4  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.39 
 
 
457 aa  99.4  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.89 
 
 
462 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  30.14 
 
 
332 aa  98.2  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
427 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  31.98 
 
 
442 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.87 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
377 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  27.57 
 
 
354 aa  96.3  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.28 
 
 
427 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.73 
 
 
328 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  21.24 
 
 
472 aa  95.9  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.06 
 
 
445 aa  95.9  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>